2 сентября 2004 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело по факту захвата террористами школы #1 в Беслане по трем статьям УК РФ — убийство, терроризм и захват заложников. К настоящему времени следствием установлено, что в теракте участвовали 32 человека — ингуши, чеченцы, арабы и славяне. 31 из них был убит при штурме, один арестован. Организаторами теракта выступили Шамиль Басаев, Аслан Масхадов, Магомет Хашиев и подданный Саудовской Аравии Тауфик-аль-Джедани (Абу-Дзейт). Руководил операцией житель Ингушетии Руслан Хучбаров (Полковник). Оружие и взрывчатка для теракта были захвачены на складах МВД Ингушетии 22 июня. Банда собралась 31 августа в лагере близ ингушского села Пседах, откуда на двух автомобилях добралась до Беслана. По данным следствия, штурм здания начался после того, как в спортзале "взорвались два самодельных взрывных устройства". Эти взрывы, по данным следствия, привели к гибели большинства заложников и вызвали пожар в школе.
14 сентября 2004 года единственному выжившему террористу жителю чеченского села Старый Энгеной Нурпаше Кулаеву были предъявлены обвинения по восьми статьям УК РФ (убийство, бандитизм, терроризм, захват заложников и др.). Свою вину он частично признал, но заявил, что никого не убивал. 17 мая 2005 года в Верховном суде Северной Осетии начались слушания дела, допрос потерпевших и свидетелей продолжается.
21 сентября 2004 года против начальника РОВД Правобережного района Северной Осетии Мирослава Айдарова, начальника штаба РОВД Георгия Дряева и замначальника РОВД по общественной безопасности Таймураза Мартазова, снятых со своих постов после теракта, Генпрокуратура возбудила дело по статье "Халатность". По версии следствия, они не обеспечили должного надзора со стороны патрульно-постовых служб за границей с Ингушетией, тем самым пропустив террористов в республику. 14 июля 2005 года следствие завершено, с материалами знакомятся пострадавшие.
8 октября 2004 года Генпрокуратура возбудила дело по статье "Халатность" против начальника РОВД Малгобекского района Ингушетии Мухажира Евлоева, его заместителей Багаудина Евлоева и Ахмеда Котиева и начальника угрозыска района Хамзата Мамилова. По версии следствия, они не смогли обнаружить расположенный на территории их района лагерь террористов. Следствие продолжается.