В октябре 2004 года Дмитрий Козак занялся урегулированием конфликта в Карачаево-Черкесии, связанного с убийством семерых молодых людей на даче зятя президента КЧР Али Каитова. 21 октября 2004 года полпред встретился с родными убитых и пообещал наказать виновных. В ноябре ему вновь пришлось срочно ехать в Черкесск: 9 ноября родственники погибших захватили Дом правительства. 11 ноября Дмитрий Козак встретился с ними и убедил покинуть здание. Участие полпреда принесло плоды: расследование активизировалось и приобрело гласный характер, были уволены глава МВД КЧР Александр Обухов и прокурор Владимир Ганночка.
22 января 2005 года Дмитрий Козак сумел разблокировать трассу "Кавказ", перекрытую жителями Беслана, которые требовали отставки президента Северной Осетии Александра Дзасохова. Полпред пообещал взять ситуацию в республике под личный контроль. 1 февраля 2005 года на встрече с бесланцами в Ростове-на-Дону он посоветовал добиваться отставки Александра Дзасохова "законными путями".
24 мая 2005 года господин Козак прибыл в Майкоп для урегулирования кризиса, возникшего после подписания президентом Адыгеи Хазретом Совменом указа о досрочном роспуске парламента. В результате указ был отменен.
6 апреля 2005 года президенты Северной Осетии и Ингушетии Александр Дзасохов и Мурат Зязиков должны были подписать разработанный полпредством план мер по урегулированию осетино-ингушского конфликта. Осетинский президент от подписания отказался. 31 мая 2005 года, после встречи с Дмитрием Козаком, господин Дзасохов заявил о своей досрочной отставке.
1 июля 2005 года Дмитрий Козак провел в Москве встречу с президентом КЧР и делегацией абазин, захвативших здание народного собрания КЧР 29 мая. Абазины протестовали против передачи 600 га земли абазинского аула соседнему району. Полпред пообещал, что перенос границы приостановят, вопросом займется специальная комиссия, виновных накажут. 21 сентября народное собрание КЧР приняло постановление о создании Абазинского района с учетом требований протестовавших.
22 июня 2005 года в Грозном Дмитрий Козак провел совещание с руководством Чечни по поводу ситуации вокруг станицы Бороздиновской, из которой после зачистки 4 июня в Дагестан бежали около тысячи человек. Полпред потребовал разыскать пропавших при зачистке и вернуть беженцев домой. К 30 июня президенту Чечни Алу Алханову и вице-премьеру Рамзану Кадырову удалось уговорить беженцев вернуться. О судьбе пропавших до сих пор ничего не известно.
1 сентября 2005 года Дмитрий Козак встретился с представителями комитета "Матери Беслана". Эта беседа стала "подготовительной" перед встречей бесланских матерей с президентом Владимиром Путиным 2 сентября.