В конце 80-х годов, когда Владимир Каданников возглавил предприятие, ВАЗ был одним из немногих стабильно приносящих прибыль советских предприятий. Ежегодно завод производил до 740 тыс. машин, на предприятии было занято более 130 тыс. сотрудников. Однако с началом 90-х годов на ВАЗе начались проблемы, возросли цены на комплектующие, производство упало до примерно 674 тыс. автомобилей. В январе 1993 года ВАЗ был акционирован. В 1994 году спад производства достиг максимума — было выпущено 520 тыс. машин. К 1995 году кредиторская задолженность завода превышала 1 трлн руб., долг федеральному и местным бюджетам — 800 млрд руб. Чистые убытки компании составляли 2,02 млрд руб. ($398 млн). Не помогло даже обновление модельного ряда: в 1995 году завод приступил к выпуску автомобилей семейства "десяток". В 1997 году задолженность перед бюджетом перевалила за 2 трлн руб., и до конца 90-х годов ВАЗ оставался одним из основных неплательщиков государства. Ситуацию не могли переломить даже меры по поддержке отечественного автопроизводителя, в основном заключавшиеся в повышении пошлин на ввоз подержанных иномарок — главных конкурентов продукции ВАЗа. Вокруг завода действовало множество преступных группировок, контролировавших сбыт автомобилей и запчастей.
Ситуацию удалось переломить лишь к 2000 году, когда, увеличив производство после кризиса 1998 года, АвтоВАЗ начал исправлять финансовое положение. Однако в июле 2000 года Федеральная служба налоговой полиции возбудила против ВАЗа уголовное дело по факту изготовления "теневым способом" 280 тыс. автомобилей. Правда, уже в августе оно было прекращено Генпрокуратурой. В сентябре арбитражный суд отверг налоговые претензии к компании за 1996 год в размере 12 млрд руб. К началу 2000-х годов правоохранительным органам удалось снизить уровень преступности, связанной с ВАЗом.
В июне 2001 года АвтоВАЗ подписал генеральное соглашение с General Motors Corporation и ЕБРР о создании автосборочного завода в Тольятти. На нем планировалось производить до 75 тыс. автомобилей ежегодно. Первая "Chevrolet-Niva" сошла с конвейера СП в сентябре 2002 года.
В 2004 году ВАЗ выпустил 717 981 автомобиль, выручка составила 125,9 млрд руб., чистая прибыль — 5,6 млрд руб. Доля на рынке равнялась 42%. К середине 2005 года задолженность ВАЗа перед бюджетом составляла, по официальным данным, 792 млн руб. (c учетом пеней и штрафов — около 8,5 млрд). По программе реструктуризации ВАЗ должен погасить долг к 2010 году. В 2005 году начат серийный выпуск автомобиля "Калина", разрабатывавшегося более 12 лет (стоимость проекта составила около $550 млн). В первом полугодии 2005 года выручка компании составила 61 млрд руб., чистая прибыль — 2,5 млрд руб. Доля АвтоВАЗа в российском ВВП составляет около 1%. Количество работников — 120 тыс. человек.