22 ноября 2002 года в штаб-квартире НБП на 2-й Фрунзенской улице (нацболы называли ее "бункером") после митинга у представительства НАТО сотрудниками милиции задержаны пресс-секретарь партии Александр Аверин и активист из Уфы Марсель Гатауллин. 25 ноября им назначили штраф за мелкое хулиганство.
9 декабря 2003 года в "бункере" сотрудники ОВД "Хамовники" арестовали лидера НБП Эдуарда Лимонова, Александра Аверина и еще 23 активиста. На следующий день их отпустили без предъявления обвинений. Господин Лимонов сообщил, что милиционеры "пришли в штаб НБП под предлогом того, что якобы кто-то видел, как в штаб вносились какие-то мешки".
17 января 2004 года к штабу НБП подъехали несколько машин с милиционерами, сотрудниками ОМОНа и МЧС. Нацболы забаррикадировались. После безуспешных попыток проникнуть в помещение, продолжавшихся несколько часов, милиционеры подогнали одну из машин выхлопной трубой вплотную к окну штаб-квартиры и включили двигатель. Находившиеся в штабе пообещали вскрыть себе вены, если милиционеры проникнут внутрь. 19 января блокада была снята. В ГУВД Москвы сообщили, что "усиление на 2-й Фрунзенской было связано с поступившей информацией о запланированном несанкционированном митинге нацболов".
5 августа 2004 года сотрудники ГУБОПа и ФСБ провели обыск в штаб-квартире НБП на улице Марии Ульяновой. Были арестованы шестеро активистов, участвовавших в захвате кабинета главы Минздравсоцразвития Михаила Зурабова 2 августа. 20 декабря Мосгорсуд приговорил их по статьям 213 ("Хулиганство") и 167 ("Умышленное уничтожение или повреждение имущества") к лишению свободы на сроки от двух с половиной до трех лет.
5 октября 2004 года сотрудники ОВД "Ломоносовский" выгнали всех находившихся в штабе НБП на улице Марии Ульяновой и опечатали его. По утверждению Александра Аверина, районная управа предъявила нацболам административные претензии из-за незаконченного ремонта в помещении. Впоследствии конфликт с управой был улажен и помещение партии вернули.
21 декабря 2004 года сотрудники ОВД "Ломоносовский" и ФСБ в процессе обыска штаба НБП на улице Марии Ульяновой изъяли находившиеся в помещении компьютеры, задержали 11 человек и опечатали помещение. По словам представителя НБП Анатолия Тишина, обыск завершился погромом. В ГУВД ситуацию не комментировали; господин Лимонов заявил, что акция властей связана с захватом приемной администрации президента 14 декабря. В течение нескольких дней задержанных отпустили.
7 ноября 2005 года сотрудники УБОП Юго-Западного округа произвели обыск в штаб-квартире НБП на улице Миклухо-Маклая, где проходила подготовка партии к регистрации. Милиционеры, не предъявляя ордеров и санкций, изъяли 41 тыс. анкет членов партии и жесткие диски компьютеров. 15 человек задержаны и отпущены на следующий день без объяснения причин задержания.
23 ноября 2005 года к штабу НБП на Каширском шоссе, где расположена редакция партийной газеты "Генеральная линия", подъехали сотрудники ОВД "Братеево" и "Москворечье-Сабурово" и до 20 человек в штатском. Они потребовали, чтобы нацболы покинули помещение, но те не подчинились и забаррикадировались. Милиционеры ворвались в штаб, вскрыв дверь автогеном. 15 человек арестованы.