6 апреля 1999 года Генпрокуратура (ГП) РФ объявила Бориса Березовского в розыск и выдала санкцию на его арест в качестве обвиняемого по делу "Аэрофлота". Бизнесмену инкриминировалось "незаконное предпринимательство" и "отмывание незаконно нажитых средств". 15 апреля замгенпрокурора Михаил Катышев отменил свое постановление об аресте. 25 апреля Борис Березовский, вернувшийся из Франции, явился на допрос. 5 ноября ГП сняла с него обвинения.
1 ноября 2000 года замгенпрокурора Василий Колмогоров сообщил, что Борис Березовский должен 15 ноября явиться на допрос, в ходе которого ему может быть предъявлено обвинение в хищении госсредств в рамках дела "Аэрофлота". Господин Березовский на допрос не явился и объявил, что принял решение не возвращаться в Россию из Европы, где в то время находился. 25 ноября 2000 года следователь ГП Александр Филин заявил о переносе допроса "на более поздний срок".
В августе 2001 года из дела "Аэрофлота" выделено в отдельное производство дело швейцарской компании Forus Holding. Борису Березовскому отправили вызов на допрос на 19 сентября, но он на него не явился. 3 октября 2001 года ГП вынесла постановление о его принудительном приводе на допрос. 20 сентября 2001 года его объявили в федеральный розыск и предъявили заочное обвинение по делу Forus по трем пунктам: пособничество в мошенничестве, невозвращение из-за границы валютной выручки и отмывание денег.
6 августа 2002 года ГП возбудила уголовное дело по факту хищения 2323 машин при проведении ЛогоВАЗом в 1994-1995 годах зачетной сделки с АвтоВАЗом и администрацией Самарской области. 15 октября Борису Березовскому, как бывшему руководителю ЛогоВАЗа, предъявлено заочное обвинение в хищении в особо крупных размерах путем мошенничества. Он был объявлен в международный розыск. 30 октября Басманный суд Москвы выдал санкцию на его арест. ГП направила в Лондон запрос об экстрадиции, но 12 сентября 2003 года магистратский суд Лондона отклонил его, а Борису Березовскому предоставили политическое убежище. 17 августа 2004 года апелляционная комиссия Самарского арбитражного суда признала законной сделку, на основании которой предъявляли обвинения Борису Березовскому. Тем не менее обвинения с бизнесмена не сняты.
17 сентября 2004 года прокуратура Московской области заочно обвинила господина Березовского в хищении госдачи #2 в подмосковном комплексе "Жуковка" управделами президента, проданной в октябре 1999 года АвтоВАЗу и позже переоформленной на имя дочери бизнесмена Екатерины. 21 сентября Мещанский райсуд выдал постановление об аресте бизнесмена, а 22 сентября Борис Березовский вновь объявлен в международный розыск. Запросы об экстрадиции Бориса Березовского направлялись ГП в феврале и сентябре 2005 года в Латвию, куда тот прибывал с визитами, оба раза получен отказ.