Главной задачей, фактически стоящей перед новым руководством ФТС в рамках борьбы с коррупцией, является не повышение физических объемов пошлин, собираемых таможней. Это неплохо получалось и у экс-главы ФТС Александра Жерихова: в 2005 году поступления бюджета от сборов таможни составили 2,1 трлн руб. ($74,4 млрд, 85% — экспортные пошлины). Это на 0,9 трлн руб. ($32 млрд) больше плана; рост сборов в основном происходит из-за роста цен на нефть. Использование "серых" и "черных" схем растаможивания товара (наиболее популярные — занижение таможенной стоимости и мошенничества с так называемыми кодами ТН ВЭД) приводит к тому, что реальный размер таможенных платежей, он же средневзвешенный фактический тариф, меньше, чем тот процент от стоимости импортируемых и экспортируемых товаров, который таможне предписывает собирать действующее законодательство (формальный тариф). Сейчас разница между средневзвешенным фактическим и формальным тарифом составляет как минимум 25%, или около 100 млрд руб. в год в ценах 2005 года только на импортных пошлинах, составляющих около 15% от суммарных сборов таможни.
Доведение средневзвешенного и фактического тарифов до близких значений и является целью "наведения порядка", "улучшения таможенного администрирования" и прочих программ улучшения работы ФТС. Служба сейчас обеспечивает более 40% доходов федерального бюджета, на 2006 год план по доходам составляет более 2 трлн руб. Согласно концепции развития таможенных органов до 2010 года, утвержденной правительством, ФТС необходимо потратить 89 млрд руб. (более $3 млрд) на период до 2010 года. По словам первого замглавы ФТС Владимира Шамахова, в результате реализации программы в 2007 году ФТС предполагала дополнительно собрать в федеральный бюджет $1 млрд, в 2008-м — $2 млрд, а в 2009-2010 годах добавляла бы в госказну по $5 млрд ежегодно помимо платежей нынешнего уровня, зависящего от физического объема импорта, а не от собираемости пошлин. Концепция сейчас реализуется в основном в ее технической части: модернизуются информационные системы таможни, налаживается информационный обмен и встречный таможенный анализ сделок при участии таможен других стран. Впрочем, большая часть разницы между фактическим и формальным таможенным тарифом скрывается именно в коррупционных схемах. По оценкам главы МЭРТа, доля контрабанды (а именно так квалифицируются УК манипуляции с таможенным тарифом) на рынке бытовой техники и электроники составляла в 2005 году от 60 до 85%, одежды и обуви — 60%, мебели — 45-55%. Впрочем, наибольший вклад в расхождение средневзвешенного тарифа от формального вносит качество администрирования пошлин на нефть и нефтепродукты — улучшения на этом направлении, по внешним оценкам, могут дать бюджету до $5-6 млрд в год.