В феврале 1996 года возбуждено дело против губернатора Вологодской области Николая Подгорнова (взяточничество, превышение полномочий и хищение). 17 мая 1996 года он снят с должности. 4 декабря 1998 года приговорен к году условно и амнистирован. В 1999 году после пересмотра дела приговорен к семи годам, 15 июня 2000 года амнистирован.
31 декабря 1996 года против главы Марий Эл Владислава Зотина возбуждено дело за превышение полномочий и препятствование осуществлению избирательных прав граждан, 22 декабря он проиграл выборы. 14 мая 1997 года дело прекращено по состоянию здоровья обвиняемого.
В октябре 2000 года возбуждено дело против главы Курской области Александра Руцкого в связи с незаконной приватизацией служебной квартиры. 22 октября он снят с выборов. Через два года суд признал приватизацию законной.
В октябре 2000 года возбуждено дело против смоленского губернатора Александра Прохорова (хищения и незаконное финансирование дорожного строительства). В мае 2002 года он проиграл выборы. 22 сентября 2004 года приговорен к трем годам и амнистирован.
В январе 2002 года против главы Ненецкого АО Владимира Бутова возбудили дело по злоупотреблению служебным положением, 10 апреля 2002 года — за неисполнение решения суда. В декабре оба дела закрыты по "реабилитирующим обстоятельствам". 22 августа 2003 года против него же возбудили дело за избиение инспектора ГАИ. 31 декабря 2004 года губернатор приговорен к трем годам условно.
25 апреля 2002 года возбуждено дело против губернатора Курской области Александра Михайлова (растрата и мошенничество при покупке жилья). 27 января 2003 года дело закрыли за отсутствием состава преступления.
30 сентября 2003 года тверского губернатора Владимира Платова обвинили в превышении полномочий и нанесении бюджету ущерба в 463 млн руб. 7 декабря он проиграл выборы. 11 ноября 2005 года приговорен к пяти годам тюрьмы. 27 апреля 2006 года Мосгорсуд снизил наказание до трех лет условно.
27 октября 2003 года против губернатора Камчатки Михаила Машковцева заведено дело по обвинению в халатности, а 17 марта 2004 года — по обвинению в превышении полномочий. 19 декабря он переизбран губернатором. 10 июня 2005 года прокуратура прекратила дело "ввиду раскаяния".
17 мая 2004 года прокуратура Саратовской области предъявила губернатору Дмитрию Аяцкову обвинения в злоупотреблении положением и превышении полномочий. 7 июля обвинения были сняты.
1 июня 2004 года возбуждено дело по фактам нецелевого использования средств ярославским губернатором Анатолием Лисицыным. 20 августа ему предъявлено обвинение в превышении полномочий. 4 апреля 2005 года дела прекращены в связи с истечением срока давности.
28 декабря 2004 года самарская прокуратура возбудила уголовное дело против губернатора Константина Титова (злоупотребление служебным положением). 24 февраля 2005 года господина Титова переквалифицировали в свидетеля.