12 марта 2000 года в результате спецоперации ФСБ в Чечне был задержан полевой командир Салман Радуев, захвативший в январе 1996 года Кизляр, а также признанный виновным в организации терактов в Пятигорске, Ессентуках, Армавире и других городах. 15 декабря 2001 года Верховный суд Дагестана приговорил его к пожизненному заключению. В ночь на 14 декабря 2002 года Радуев умер в колонии особого режима в Соликамске. Причинами смерти называли кровоизлияние во внутренние органы и геморрагический васкулит неясного генеза.
В мае 2000 года в Шали российские военные задержали полевого командира, спикера парламента Ичкерии Руслана Алихаджиева. В августе того же года он умер от обширного инфаркта в СИЗО "Лефортово". Министр иностранных дел Ичкерии Ильяс Ахмадов распространил заявление, в котором указал, что Руслан Алихаджиев скончался в результате пыток.
22 августа 2000 года сотрудники ФСБ России задержали в Чечне полевого командира и криминального авторитета Лечи Исламова (Борода). 31 мая 2002 года и повторно 26 сентября 2003 года Краснодарский крайсуд приговорил его к девяти годам лишения свободы за организацию НВФ и захват заложников. 21 апреля 2004 года боевик скончался в волгоградском лечебно-исправительном учреждении #15. По версии Минюста, он умер естественной смертью от обострения хронических заболеваний. Родственники и друзья Лечи Исламова считают, что его отравили. Об этом перед смертью заявлял и он сам.
В октябре 2000 года в Чечне был задержан вице-премьер и министр госбезопасности Ичкерии Турпал-Али Атгериев, командовавший одним из отрядов при нападении Салмана Радуева на Кизляр в 1996 году. 25 декабря 2001 года Верховный суд Дагестана приговорил его к 15 годам лишения свободы. 18 августа 2002 года Атгериев скончался в исправительной колонии #13 Свердловской области. Родственникам объявили, что произошло кровоизлияние в почки, а журналистам сообщили, что смерть наступила от кровоизлияния в мозг.