З января 1994 года потерпел крушение самолет Ту-154 авиакомпании "Байкал", выполнявший рейс Иркутск--Москва. Через 12 минут после взлета лайнер рухнул вблизи села Мамоны в 11 км от аэропорта. Причиной крушения стало возгорание второго двигателя и падение давления во всех гидросистемах самолета. В авиакатастрофе погибли 9 членов экипажа и 115 пассажиров, включая 16 иностранных граждан.
6 декабря 1997 года через 20 секунд после взлета с аэродрома Иркутского авиаобъединения транспортный самолет Ан-124 ВВС РФ рухнул на жилые кварталы Иркутска. Лайнер направлялся во Вьетнам с двумя истребителями Су-27 на борту. Сильнее всего пострадал дом #45 по улице Гражданская, части самолета упали также на дом #120 по улице Мира и детский дом #1. Причиной катастрофы стал отказ двигателей на взлете. В катастрофе погибли 72 человека, из них 68 на земле.
26 июля 1999 года при взлете из аэропорта Иркутска потерпел катастрофу транспортный самолет Ил-76 с 30 тоннами китайского ширпотреба на борту. Принадлежащий подмосковной авиакомпании "Эльф-Эйр" транспортник выполнял рейс по маршруту Пекин--Пермь с промежуточной посадкой в Иркутске. Экипаж сумел посадить падающий самолет "на брюхо" возле деревни Пивовариха в 2 км от аэродрома. Семь находившихся на борту человек успели покинуть "Ил", прежде чем он загорелся и взорвался. Причиной аварии стала сильная перегрузка самолета.
3 июля 2001 года при заходе на посадку разбился пассажирский самолет Ту-154 авиакомпании "Владивосток Авиа", летевший из Екатеринбурга во Владивосток с промежуточной посадкой в Иркутске. Обломки были найдены в 20 км от аэропорта и в 5 км от поселка Бурдаковка. Авиакатастрофа унесла жизни 136 пассажиров и 9 членов экипажа. Согласно заключению госкомиссии, причиной крушения стала ошибка пилотов.