26 февраля 2002 года министр обороны Сергей Иванов на космодроме в Плесецке присутствовал при запуске ракеты-носителя "Союз-У" со спутником фоторазведки "Кобальт". Старт трижды переносился из-за технической неисправности, возникавшей на третьей ступени носителя после начала предстартового отсчета. Специалисты космодрома предлагали отложить старт на сутки, однако командующий космическими войсками генерал-полковник Анатолий Перминов настоял на запуске. С четвертой попытки с более чем двухчасовым опозданием старт был произведен.
26 августа 2003 года в Черниговке (Приморский край) разбились два боевых вертолета Ми-24В, участвовавшие в учениях "Восток-2003" и выполнившие незапланированный в программе опасный элемент. Погибли шесть человек. Присутствовавший на учениях Сергей Иванов сразу же назвал причиной катастрофы "легкомыслие, браваду и воздушное хулиганство" пилотов. 4 апреля 2005 года Спасский гарнизонный суд приговорил руководителя полетов Геннадия Голобочанского к четырем годам колонии.
17 февраля 2004 года в ходе стратегической командно-штабной тренировки "Безопасность-2004" атомная подводная лодка К-407 "Новомосковск" Северного флота не смогла произвести учебно-боевой пуск ракеты РСМ-54 "Синева". В этот момент за учениями наблюдали президент РФ Владимир Путин, министр обороны Сергей Иванов и главком ВМФ адмирал флота Владимир Куроедов. На следующий день при запуске РСМ-54 с подлодки К-18 "Карелия" ракета отклонилась от заданной траектории и через 98 секунд полета самоликвидировалась.
16 октября 2005 года на полигоне Махаджан в пустыне Тар (Индия) проходила сухопутная фаза российско-индийских учений INDRA-2005. Во время выброски платформ с минометами с индийских Ан-32 одну из таких платформ снесло ветром, и она приземлилась всего в нескольких метрах от смотровой площадки, где находились министры обороны двух стран — Сергей Иванов и Пранаб Мукхерджи. Никто не пострадал. Вскоре в небе произошел еще один инцидент: сошлись куполами парашютов двое российских десантников, но им удалось разойтись в воздухе.