Впервые о сокращении группировки федеральных войск в Чечне было объявлено 22 января 2001 года, когда Владимир Путин подписал указ "О мерах по борьбе с терроризмом на территории Северо-Кавказского региона РФ". Согласно этому документу, руководство операцией переходило от Минобороны к ФСБ, а в республике должны были оставаться только части постоянной дислокации. В результате 100-тысячная группировка федеральных сил могла сократиться до 25-30 тыс. человек: 42-я мотострелковая дивизия (15 тыс. человек), 46-я бригада внутренних войск (7 тыс.) и Итум-Калинский погранотряд (3 тыс.) Вывод начался 13 мая, когда из Ханкалы в город Юрга отправились первые эшелоны 74-й мотострелковой бригады СибВО. 3 ноября 2002 года, после захвата чеченскими боевиками зрителей спектакля "Норд-Ост" в Москве, министр обороны Сергей Иванов заявил, что приостанавливает вывод войск и они начинают "масштабную и жестокую операцию" во всех районах республики. Тем не менее за полтора года численность группировки сократилась примерно до 80 тыс.
Новый громкий этап сокращения прошел весной 2003 года, в рамках подготовки к намеченному на 23 марта референдуму по конституции Чечни. 3 марта начальник Генштаба Анатолий Квашнин заявил о начале "вывода избыточных войск". Уже 5 марта из республики к месту постоянной дислокации в подмосковном Нахабино начала возвращаться 57-я отдельная инженерно-саперная бригада, 6 марта в Софрино стали вывозить военнослужащих и технику 21-й отдельной бригады особого назначения МВД. После референдума сокращение фактически остановилось, а 14 ноября 2003 года командующий СКВО генерал-полковник Владимир Болдырев заявил, что группировка войск в Чечне достигла своего оптимального количества — 75 тыс. человек.
В последующие годы громких кампаний по сокращению войск в Чечне не объявлялось. При этом в ходе плановой ротации армейских и милицейских подразделений их численность постепенно сокращалась и к настоящему времени составляет примерно 50 тыс. человек. Например, в конце 2004 года республику покинуло большинство десантников (около 1,5 тыс. человек): 5 декабря закончился вывод тактических групп 76-й Псковской дивизии ВДВ. С другой стороны, контингент внутренних войск в Чечне почти не уменьшился и сейчас составляет 24 тыс. человек. Данные о численности личного состава военнослужащих Минобороны не разглашаются.