Первую официальную версию взрывов в спортзале школы #1, после которых последовал штурм здания, огласил 8 сентября 2004 года генпрокурор Владимир Устинов на встрече с президентом Владимиром Путиным. "По прошествии двух дней, когда они (террористы.— Ъ) начали переделывать взрывную систему — они меняли ее по каким-то своим соображениям,— и произошел взрыв, после чего началась паника внутри школы",— заявил он.
Несколько другую версию 10 ноября 2004 года в интервью газете "Известия" сообщил замгенпрокурора Николай Шепель: "За несколько часов до взрывов у бандитов закончились наркотики... Известно, что во время ломки у наркоманов пропадает чувство страха. Под воздействием ломки террористу ничего не стоило 'сойти' с кнопки на взрывателе".
Впоследствии версия Генпрокуратуры изменилась. В заключении комплексной криминалистической экспертизы действий оперативного штаба от 23 декабря 2005 года сказано, что "неустановленные участники банды привели в действие два самодельных взрывных устройства, установленных в спортивном зале школы, и произвели множество выстрелов из имевшегося у них огнестрельного оружия в заложников".
В докладе североосетинской парламентской комиссии по расследованию теракта, обнародованном 29 ноября 2005 года, указано, что детонацию зарядов в спортзале мог инициировать выстрел из огнемета или гранатомета, произведенный силовикам для "нейтрализации" оператора взрывных устройств. "В пользу этой версии говорит и характер разрушений. Выбор стрелявшего именно этой части зала не случаен, так как там находился стоявший на педали боевик. Плохая видимость затрудняла точную работу снайпера, а гранатомет проблему уничтожения 'педалиста' решал",— указывалось в документе.
Глава федеральной парламентской комиссии по расследованию причин теракта в Беслане Александр Торшин 28 октября 2004 года, комментируя первые итоги работы комиссии, заявил, что первый взрыв, вероятно, произошел "в результате самоподрыва" бомбы. Однако в своем докладе от 28 декабря 2005 года он вообще не говорил о причине взрывов, сообщив лишь, что они последовали "один за другим".
Свою версию выдвигал и единственный оставшийся в живых террорист Нурпаша Кулаев. 31 мая 2005 года в Верховном суде Северной Осетии он заявил: "Снайпер снял человека, который стоял на кнопке".