13 августа 2000 года сотрудники ГТК закрыли мебельный магазин "Три кита" и арестовали партию мебели, поставленную компаниями ООО "Бастион" и ООО "Лига Марс". Поставщиков обвинили в контрабанде 400 тонн мебели, а владельцу "Трех китов" Сергею Зуеву предъявили претензии на $5 млн недоимок по таможенным платежам. 7 сентября 2000 года ГУВД Московской области возбудило дело о контрабанде через ООО "Лига Марс", а в октябре дело передали в следственный комитет (СК) МВД РФ.
В ноябре 2000 года дело затребовала на проверку и закрыла Генпрокуратура. В декабре 2000 года она возбудила дело против следователя по особо важным делам СК Павла Зайцева, обвинив его в превышении полномочий при проведении 12 обысков без санкции прокурора и незаконном задержании двух подозреваемых. 24 сентября 2001 года Генпрокуратура возбудила дело по статье "Превышение должностных полномочий" против первого заместителя начальника управления таможенных расследований ГТК Марата Файзулина и начальника таможенной инспекции Александра Волкова. 15 октября 2001 года руководство ГТК провело пресс-конференцию, на которой рассказало о раскрытии сети контрабандистов, организатором которой был назван Сергей Зуев. Центральной оперативной таможней на него было заведено дело об уклонении от уплаты таможенных платежей.
В марте 2002 года на основании депутатского запроса Генпрокуратура возобновила дело о контрабанде. Расследовать его поручили прокурору из Ленинградской области Владимиру Лоскутову, которого Владимир Путин лично привлек для разрешения конфликта между Генпрокуратурой и ГТК. 5 сентября 2002 года Мосгорсуд вынес оправдательный приговор Павлу Зайцеву, но впоследствии он был отменен Верховным судом. 4 июня 2003 года Дорогомиловский суд Москвы полностью оправдал Александра Волкова и Марата Файзулина. 3 ноября 2003 года Мосгорсуд приговорил Павла Зайцева к двум годам условно.
Со скандалом вокруг дела "Трех китов" связывают проведенную в мае 2006 года чистку в силовых ведомствах. Тогда должности потеряли руководитель ФТС Александр Жерихов и его замы, три генерала ФСБ, сотрудники МВД и прокуратуры.
14 июня 2006 года Генпрокуратура в рамках расследования дела о контрабанде арестовала Сергея Зуева, гендиректора фирмы "Альянс-96" Андрея Латушкина и еще трех человек.