4 июня 2005 года бойцы батальона "Восток" провели зачистку в населенной аварцами станице Бороздиновская Шелковского района Чечни. В ходе спецоперации один житель станицы погиб, 11 пропали без вести, было сожжено 4 дома. Аварцы покинули станицу и ушли в Дагестан. Для урегулирования ситуации понадобилось вмешательство полпреда Дмитрия Козака. 26 октября 2005 года командир одной из рот "Востока" Мухади Азиев получил условный срок за превышение полномочий.
22 июня 2005 года президент Чечни Алу Алханов подверг работу батальонов "Восток" и "Запад" резкой критике за несогласованность действий. "Захотел батальон 'Восток' — провел мероприятие, захотел батальон 'Запад' — тоже провел мероприятие. Так в Чечне порядка не будет",— заявил он, отметив необходимость введения "единого руководства" батальонами.
9 апреля 2006 года в станице Серноводская Сунженского района Чечни проведена спецоперация, причиной которой стало убийство сотрудника антитеррористического центра Тимура Шамилева и двух его братьев. В ходе зачистки неизвестными в военной форме похищены водитель правозащитной организации "Гражданское содействие" Булат Чилаев и местный житель Аслан Исраилов. По словам свидетелей, их увозили на принадлежащей силовым структурам машине, а на месте происшествия был найден офицерский жетон одного из военнослужащих батальона "Запад". На допросе офицер, имя которого не сообщалось, заявил, что потерял жетон за несколько дней до инцидента.
15 сентября 2006 года вооруженные лица захватили колбасный завод "Самсон" в Санкт-Петербурге. По словам директора предприятия Хамзата Арсамакова, это были бойцы батальона "Восток" во главе с командиром Сулимом Ямадаевым. Прибывшим на место милиционерам командир "Востока" якобы объяснил, что следит за тем, чтобы чеченцы решили свой конфликт "по закону". После инцидента господин Арсамаков оказался в больнице с переломами. По данным СМИ, произошедшее явилось следствием конфликта между заводом и владельцем земли ОАО "Салолин", которое планировало построить на месте предприятия жилье. Прокуратура Московского района Петербурга расследует уголовное дело по факту разбоя.