Совет при президенте РФ по содействию развитию институтов гражданского общества и правам человека создан 6 ноября 2004 года указом главы государства #1417 на базе комиссии по правам человека (действовавшей с 1 ноября 1993 года). В задачи совета входят подготовка предложений по совершенствованию защиты прав и свобод граждан, взаимодействию власти с правозащитниками, экспертиза законодательства, информирование президента о ситуации в области соблюдения прав и свобод.
В состав совета вошли 33 правозащитника и известных общественных деятеля во главе с председателем Эллой Памфиловой. Из них шестеро позже стали членами Общественной палаты. 20 июля 2005 года состоялась единственная встреча Владимира Путина с членами совета в полном составе. В ходе беседы президент сделал ряд громких заявлений: например, выступил с инициативой финансовой поддержки некоммерческих организаций со стороны государства и раскритиковал экологические экспертизы как препятствия для "развития страны и ее экономики". Кроме того, президент воспользовался встречей для объявления о назначении главы департамента собственной безопасности МВД Константина Ромодановского руководителем Федеральной миграционной службы.
24 ноября 2005 года на встрече с главой совета Эллой Памфиловой президент объявил, что финансирование некоммерческих организаций из-за границы "должно быть в поле зрения государства". Эти слова вызвали бурную реакцию СМИ.
Среди громких акций Совета по правам человека — открытое письмо Александру Лукашенко с осуждением "действий тех представителей белорусских властей, которые ущемляют права белорусов и россиян". Тогда же в составе совета создана российско-белорусская правозащитная комиссия. Оба события произошли в июне 2005 года, незадолго до визита президента Белоруссии в Москву для переговоров о будущем Союзного государства. В 2005 году совет также отметился заявлениями по поводу массовых задержаний жителей Благовещенска (Башкирия) и по подготовке в Госдуме нового закона о некоммерческих организациях. После формирования в 2006 году Общественной палаты активность совета заметно снизилась.