22 января 2001 года член совета директоров "Газпрома" Борис Федоров, представляющий зарубежных миноритариев, обвинил менеджмент концерна в том, что он "в пользу 'Итеры' отказывается от огромных внешних и внутренних рынков". В СМИ появилась информация, что председатель правления "Газпрома" Рэм Вяхирев имеет личную заинтересованность в продаже газа "Итере" по заниженным ценам. В мае 2002 года британский инвестфонд Hermitage Capital Management обвинил аудитора "Газпрома" PricewaterhouseCoopers в искажении фактов о взаимоотношениях газового концерна и "Итеры". Официально эти обвинения не подтвердились, в июне 2002 года новый глава "Газпрома" Алексей Миллер отказался от услуг "Итеры" на рынках СНГ и Балтии.
В декабре 2002 года президент Грузии Эдуард Шеварднадзе передал "Итере" 90% акций химкомбината "Азот" за $500 тыс. В рамках сделки компания обещала реструктурировать грузинский долг "Итере" за газ в размере $100 млн и задолженность "Азота" кредиторам и государству в $107 млн. Кроме того, "Итера" обязалась вложить в производство $14 млн. В марте 2004 года, после прихода к власти Михаила Саакашвили, первый замглавы агентства по управлению госимуществом Грузии Серго Топракашвили заявил, что передача "Азота" "Итере" проходила с "грубейшими нарушениями законодательства". Через год сделка аннулирована из-за неисполнения "Итерой" обязательств.
1 апреля 2004 года член совета директоров "Итеры", вице-президент ее "дочки" Itera Energy Теодорос Кавальерос на процессе в окружном суде Сан-Франциско над экс-премьером Украины Павлом Лазаренко сообщил, что в 1996 году компания заплатила последнему $25 млн за право доступа на украинский рынок газа. Факт дачи взятки в рамках процесса так и не был доказан, в августе 2006 года господина Лазаренко приговорили по другим пунктам обвинения к девяти годам тюрьмы и штрафу в $10 млн.
В январе 2006 года глава "Нафтогаза Украины" Алексей Ивченко заявил, что в июне 2005 года, будучи премьер-министром Украины, Юлия Тимошенко лоббировала интересы "Итеры", якобы пытаясь незаконно заключить контракт на поставку туркменского газа. В ответ Юлия Тимошенко заявила, что "ни с какой 'Итерой' в жизни не сотрудничала".