19 июня 2003 года начальник четвертого отдела внутренней экономической безопасности ЮКОСа Алексей Пичугин был задержан сотрудниками Генпрокуратуры по подозрению в убийстве тамбовского предпринимателя Сергея Горина и его супруги Ольги в ноябре 2002 года. По версии следствия, Сергей Горин хотел сообщить в правоохранительные органы, что господин Пичугин причастен к покушению на начальника управления по связям с общественностью и информационной политике мэрии Москвы Ольгу Костину в ноябре 1998 года. 13 августа следствие обвинило господина Пичугина в покушениях на госпожу Костину и управделами компании "Роспром" Сергея Колесова в октябре 1998 года. В мае 2004 года господина Пичугина обвинили в угрозе убийством в адрес гендиректора ООО "Кибер-клаб" Сергея Лобикова в марте 2002 года, однако 1 марта 2005 года обвинение было снято в связи с истечением срока давности. 30 марта Алексей Пичугин приговорен Мосгорсудом к 20 годам колонии строгого режима.
14 апреля 2005 года Генпрокуратура обвинила Алексея Пичугина в организации убийств директора торговой фирмы "Феникс" Валентины Корнеевой и мэра Нефтеюганска Владимира Петухова в январе и июне 1998 года соответственно. Также ему были предъявлены обвинения в двух покушениях на главу московского офиса австрийской компании East Petrolium Handelsges Евгения Рыбина в ноябре 1998-го и марте 1999 года. По версии следствия, эти преступления были совершены по заказу совладельца НК ЮКОС Леонида Невзлина. 17 августа 2006 года Мосгорсуд с учетом первого приговора добавил Алексею Пичугину четыре года колонии строгого режима.