С момента открытия канала в 1914 году через него прошло более 922 тыс. судов. В среднем ежегодно через канал проходят более 14 тыс. судов (38 в день). Их грузооборот измеряется в специальных единицах — "тоннах Панамского канала" (PCUMS). 1 PCUMS равна 1 тыс. кубических футов (28,3 кубического метра). Средний грузооборот составляет 203 млн PCUMS, в 2005 году — 279 млн PCUMS. Основные перевозимые грузы — зерно, железо и сталь, уголь, нефтепродукты, удобрения, автомобили. Главные страны-пользователи — США, Китай, Япония, Чили, Южная Корея, Перу, Канада, Эквадор, Колумбия, Мексика. Через канал проходит 4% мировых торговых грузоперевозок и 16% торговых грузоперевозок США. 68% судов следуют через канал в порты США или из них.
Канал управляется государственным агентством Панамы Autoridad del Canal de Panama (ACP). Средняя стоимость прохода одного судна — $54 тыс. Прибыль ACP за 2005 год — $489 млн, все эти деньги перечисляются в бюджет Панамы.
Сейчас Панамский канал (его длина 80 км) способен пропускать корабли водоизмещением не более 65 тыс. тонн и осадкой не более 12 м. Это делает невозможным его использование нефтяными супертанкерами (их водоизмещение достигает 650 тыс. тонн, осадка — 26 м), а также авианосцами ВМФ США класса Nimitz.
В ходе реконструкции планируется провести дноуглубительные работы и построить новые, более широкие шлюзы. В результате к 2014-2015 годам через Панамский канал смогут проходить супертанкеры водоизмещением до 170 тыс. тонн. Максимальная пропускная способность возрастет до 18,8 тыс. судов в год, грузооборот — до 600 млн PCUMS. Реконструкция обойдется в $5,25 млрд. Ожидается, что благодаря ей к 2015 году бюджет Панамы будет ежегодно получать $1,5 млрд доходов от канала, а к 2025 году доходы возрастут до $4,3 млрд.