В августе 2000 года, по данным СМИ, полевой командир, спикер парламента Ичкерии Руслан Алихаджиев скончался от обширного инфаркта в СИЗО "Лефортово". Как сообщил министр иностранных дел Ичкерии Ильяс Ахмадов, он умер в результате пыток. ФСБ опровергла даже факт задержания боевика.
22 мая 2001 года в Баку в подъезде своего дома убит чеченский полевой командир Магомед Кариев. Убийцы выпустили в него обойму из пистолета Макарова, а затем произвели контрольный выстрел в голову.
18 августа 2002 года вице-премьер и министр госбезопасности Ичкерии Турпал-Али Атгериев скончался в колонии #13 Свердловской области. Родственникам объявили, что произошло кровоизлияние в почки, а журналистам сообщили, что смерть наступила от кровоизлияния в мозг.
14 декабря 2002 года осужденный к пожизненному заключению бывший полевой командир Салман Радуев умер в колонии особого режима в Соликамске. В качестве причин смерти называли кровоизлияние во внутренние органы и геморрагический васкулит неясного генеза.
7 сентября 2003 года в Баку убит бизнесмен Ваха Ибрагимов. В разные годы он занимал посты советника президента Ичкерии, министра финансов и посла Ичкерии в талибском Афганистане. По версии, выдвинутой властями Азербайджана, Вахе Ибрагимову отомстили бывшие соратники.
13 февраля 2004 года в столице Катара Дохе взорван автомобиль экс-президента Ичкерии Зелимхана Яндарбиева (как вице-президент, получил пост после смерти Джохара Дудаева). За его убийство к пожизненному заключению были приговорены двое россиян. В декабре 2004 года они вернулись для отбытия наказания в Россию.
21 апреля 2004 года полевой командир и криминальный авторитет Леча Исламов (Борода) скончался в волгоградском лечебно-исправительном учреждении #15. По официальной версии, он умер от обострения хронических заболеваний, но его близкие считают, что его отравили.
25 июня 2004 года в Москве застрелили бывшего зампреда правительства Чечни Яна Сергунина. В этом преступлении были обвинены выходцы из Чечни Казбек Дукузов и Муса Вахаев. Им же инкриминировали убийство главного редактора русской версии журнала Forbes Пола Хлебникова. Чеченцы были оправданы судом присяжных, однако Верховный суд направил это дело на новое рассмотрение.