Спецназ Федеральной службы безопасности действует в составе Центра специального назначения, разделенного на управления А (бывшая группа "Альфа") и В (бывший "Вымпел"). Свой спецназ есть у входящих в состав ФСБ пограничных войск. Федеральная служба охраны также имеет собственные спецподразделения. Министерству обороны РФ подчиняются девять бригад спецназа Главного разведывательного управления, спецназ морской пехоты и ВМФ, ряд других спецподразделений. В структуре Министерства внутренних дел существуют спецотряды быстрого реагирования, отряды милиции специального назначения, отряды милиции особого назначения и спецназ внутренних войск ("Витязь", "Русь", "Скиф"). По сообщениям СМИ, свой спецназ существует и у Службы внешней разведки — так называемая группа "Заслон".
Спецназ имеет Министерство по чрезвычайным ситуациям — центр по проведению спасательных операций особого риска "Лидер". В 1997 году спецназом обзавелось Министерство юстиции — в составе Главного управления исполнения наказаний. В структуре ведомства также действует управление специальных исполнительных действий Службы судебных приставов.
Спецотряды быстрого реагирования имеют Федеральная таможенная служба и Федеральная служба по контролю за оборотом наркотиков. Спецназ есть и в системе вневедомственной охраны, например, специальный отряд охраны Московской железной дороги. До 1995 года управление специальной военизированной охраны действовало в структуре Министерства финансов РФ.