С августа 1991 года Александр Гофштейн защищал председателя Верховного Совета СССР Анатолия Лукьянова в "деле ГКЧП". Его обвиняли в измене родине и заговоре с целью захвата власти. 23 февраля 1994 года дело прекращено в связи с объявлением Госдумой политической амнистии.
С ноября 1994 года адвокат выступал защитником Игоря Бушнева, обвиняемого в убийстве священника Александра Меня. По настоянию господина Гофштейна показания подсудимого были проверены на детекторе лжи. В результате выяснилось, что они были выбиты следователями Мособлпрокуратуры. 11 июля 1996 года горсуд Сергиева Посада полностью оправдал обвиняемого.
С июня 2001 года Александр Гофштейн представлял интересы азербайджанского бизнесмена, главы общественной организации "Азербайджан-ХХI" Фрэнка Элкапони, обвиняемого в сбыте наркотиков в крупном размере. 31 марта 2003 года Головинский суд Москвы полностью оправдал подсудимого за отсутствием события преступления.
С июля 2004 года господин Гофштейн выступал в качестве защитника криминального авторитета Вячеслава Иванькова, обвиняемого в убийстве двух граждан Турции в 1992 году. Адвокат настоял на рассмотрении дела судом присяжных. 18 июля 2005 года коллегия присяжных Мосгорсуда единогласно оправдала Вячеслава Иванькова.
С декабря 2004 года адвокат защищает бывшего замначальника правового управления НК "ЮКОС-Москва" Светлану Бахмину, которой инкриминировалось хищение и неуплата налогов. 19 апреля 2006 года Симоновский суд столицы приговорил ее к семи годам тюрьмы, а 19 августа Мосгорсуд снизил срок на полгода в связи с наличием у осужденной малолетних детей. В настоящее время адвокат добивается отсрочки наказания на девять лет: до момента достижения младшим сыном Светланы Бахминой 14-летнего возраста.