После объявления в ноябре 2005 года конкурса по проекту против него высказался ряд общественных деятелей. Конференции противников "Газпром-сити" прошли в Петербурге и Москве, в них участвовали директор Эрмитажа Михаил Пиотровский, директор Музея архитектуры имени Щусева Давид Саркисян, глава Московского общества охраны архитектурного наследия Марина Хрусталева, президент Союза архитекторов России Юрий Гнедовский и другие. Господин Пиотровский, в частности, назвал проект "разрушающим небесную линию, портящим сложившийся вид города". По итогам форумов властям города рекомендовали перенести деловой квартал за пределы исторического центра, входящего в список наследия ЮНЕСКО.
Открытые письма губернатору Валентине Матвиенко писали члены Санкт-Петербургского союза архитекторов, Северо-западное отделение Российской академии архитектуры и строительных наук, региональное отделение партии "Яблоко". К президенту Владимиру Путину обращались Союз архитекторов России, Всероссийское общество охраны памятников истории и культуры и жители соседствующего с планируемой застройкой района. 20 ноября письмо против "новой архитектурной доминанты" подписали музыканты, участвовавшие в концерте в честь 25-летия ленинградского рок-клуба, в частности лидер группы ДДТ Юрий Шевчук.
29 ноября группа депутатов законодательного собрания Петербурга направила генпрокурору Юрию Чайке запрос на проверку законности выделения денег на "Газпром-сити" из городского бюджета. Запрос о законности конкурса по проекту был отправлен и губернатору города.
Еще одним методом борьбы стали театрализованные акции. 15 мая на месте строительства члены Санкт-Петербургской лиги молодежи, переодевшись в костюмы Буратино, кота Базилио и лисы Алисы, закопали символические $2 млрд субвенций городского бюджета на проект. 21 ноября активисты движения "Живой город" в костюмах императрицы Екатерины II, ее фаворита и здания Смольного собора пытались проникнуть на выставку проектов "Газпром-сити". За несколько часов до объявления итогов конкурса перед офисом "Газпром нефти" по Неве курсировал катер, на котором несколько человек в больничных халатах демонстрировали макеты будущего здания и кричали: "Спасите город!"