В 2006 году "Единая Россия" выставляла свои партийные списки во всех 17 регионах, где проходили выборы в региональные парламенты, и везде заняла первое место.
12 марта на выборах депутатов государственного собрания (эл курултая) Республики Алтай партия получила 27,2%, государственного совета (хасэ) Республики Адыгея — 33,7%, Калининградской областной думы — 34,12%, законодательного собрания Кировской области — 28,54%, Курской областной думы — 37,36%, законодательного собрания Нижегородской области — 43,91%, законодательного собрания Оренбургской области — 40,44%, думы Ханты-Мансийского автономного округа — Югры — 54,83%.
8 октября на выборах в законодательное собрание Республики Карелия единороссы заручились поддержкой 38,92% избирателей, в палату представителей великого хурала Тувы — 46,38%, в государственный совет Чувашской республики — 51,89%, в законодательное собрание Приморского края — 48,27%, в государственную думу Астраханской области — 38,73%, в липецкий областной совет депутатов — 50,65%, в Новгородскую областную думу — 43,75%, в областную думу законодательного собрания Свердловской области — 40,54%, в законодательное собрание Еврейской автономной области — 55,32%.
3 декабря на выборах депутатов законодательного собрания Пермского края "Единая Россия" набрала 34,56%.