22 января 2001 года народный депутат Юрий Кононенко был найден мертвым в своем рабочем кабинете в помещении фирмы "Лоск" в Харькове. Причина смерти — огнестрельное ранение в грудь из принадлежавшего покойному охотничьего карабина "Сайга", найденного на месте происшествия рядом с телом. Отпечатки пальцев, обнаруженные на карабине, оказались непригодными к идентификации.
В ходе следствия среди прочих версий рассматривалось доведение до самоубийства. Народный депутат Михаил Бродский заявил, что на господина Кононенко в связи с его выходом из Народно-демократической партии (НДП) оказывал давление тогдашний глава Харьковской облгосадминистрации Евгений Кушнарев. Следствие допросило около 80 свидетелей и установило, что к моменту происшествия недоразумения между господином Кононенко и господином Кушнаревым были улажены.
Следствием был сделан вывод, что Юрий Кононенко погиб вследствие неосторожного обращения с оружием. Харьковская областная прокуратура закрыла уголовное дело, возбужденное по ч. 2 ст. 99 ("доведение до самоубийства") в связи с отсутствием факта преступления. Родственники погибшего не подавали жалоб в связи с решением закрыть дело и не оспаривали выводов следствия.
Юрий Кононенко был членом фракции Народно-демократической партии, членом политсовета НДП. До избрания в парламент в 1998 году — президент производственно-коммерческой фирмы "Лоск" в Харькове, которую возглавлял с 1992 года.