9 марта 2006 года в подвале здания химического факультета на Воробьевых горах загорелся электрораспределительный щит. Никто не пострадал.
21 апреля в одной из комнат на 12-м этаже общежития главного здания МГУ вспыхнул пожар. От отравления продуктами горения погибли два студента, пятеро пострадали. Площадь возгорания составила 200 кв. м, 600 человек были эвакуированы. Следствие выдвинуло две версии — поджог и неосторожное обращение с огнем. О результатах расследования не сообщалось.
1 июня в общежитии МГУ на проспекте Вернадского произошел пожар. Никто не пострадал, причиной признана неисправность электропроводки.
25 августа загорелось здание библиотеки МГУ на Ломоносовском проспекте. Причиной пожара стало короткое замыкание, никто не пострадал.
25 ноября на третьем этаже главного здания МГУ сработало самодельное взрывное устройство, пострадал один человек. Во время осмотра места происшествия взрывотехники обнаружили вторую бомбу и две десятилитровые емкости с бензином в шахте лифта. Из общежития эвакуировали 300 жильцов. Прокуратура Западного административного округа столицы возбудила уголовное дело по части 1 статьи 213 УК РФ ("Хулиганство"). 3 декабря следователи установили, что бомба из МГУ идентична по конструкции той, что 22 августа сработала на Черкизовском рынке. О дальнейшем ходе расследования не сообщалось.
14 января 2007 года на кухне 13-го этажа общежития МГУ на улице Шверника прогремел взрыв. Подозреваемым признан студент второго курса биологического факультета Сергей Макаренко. Как считает следствие, у него в руках взорвалась колба с химреактивами, когда он пытался изготовить взрывное устройство. По другой версии, студент варил наркотическое вещество "винт". Подозреваемый получил осколочные ранения рук, ног, груди и живота. В отношении Сергея Макаренко возбуждено уголовное дело по статье 223 УК РФ ("Незаконное изготовление оружия, взрывных устройств и взрывчатых веществ"), однако официальных обвинений пока не предъявлено.