6 мая 1996 года совет директоров Банка России принял решение о создании специального операционного управления по надзору за крупнейшими банками (ОПЕРУ-2). Новую структуру возглавил Денис Киселев, позже повышенный до должности зампреда ЦБ. На обслуживание в ОПЕРУ-2 хотели перевести 30 банков, но в итоге таковых оказалось 14: Агропромбанк, Внешэкономбанк, Внешторгбанк, Промстройбанк, Сбербанк, Инкомбанк, Автобанк, Уникомбанк, Мосбизнесбанк, "СБС-Агро", МФК, "Возрождение", МЕНАТЕП, "Российский кредит". Банкам, сосредоточившим 2/3 активов банковской системы и 90% вкладов, гарантировалась поддержка государства, а сами они назывались непотопляемыми. Однако во время кризиса системообразующие банки "просели" гораздо больше других. К ноябрю 1998 года их собственный капитал снизился на 73% при общем показателе для банковской системы 39%. Несмотря стабилизационные кредиты ЦБ почти на 15 млрд рублей большинство системообразующих банков утратили лидерство или обанкротились. В сентябре 1998 года, после назначения председателем ЦБ Виктора Геращенко, структура ОПЕРУ-2 была слита с московским главком ЦБ.