В должности генерального представителя департамента ликвидации банков Агентства по страхованию вкладов Василий Беднин принимал участие в работе временных администраций целого ряда лишившихся лицензии банков.
26 октября 2004 года ЦБ РФ принял решение об отзыве лицензии у ОАО КБ "РФГ-Банк". Причиной наряду с нарушением законодательства о банковской деятельности была названа задержка на срок более 15 дней представления ежемесячной отчетности. Фактическим поводом послужили жалобы о несоблюдении финансовой дисциплины. Через два месяца банк обанкротился. В ноябре 2005 года с владельцев банка по решению суда были взысканы 23,5 млн рублей.
24 ноября 2004 года отозвана лицензия у АКБ "Русский национальный инвестиционный банк". ЦБ констатировал его неплатежеспособность, создающую реальную угрозу интересам кредиторов и вкладчиков. 7 декабря 2004 года на аналогичных основаниях лишились лицензии ОАО АКБ "Родник" и КБ "Национальный", 29 декабря 2004 года — ОАО "АСБ-банк", 15 июля 2005 года — ООО "Русский банк капитала". В 2006 году с экс-руководителей АСБ-банка судом были взысканы 200 млн рублей, а прокуратура возбудила против банка дело о преднамеренном банкротстве.
17 июня 2005 года отозвана лицензия у КБ "Европейско-Западно-Сибирский банк", уличенного в нарушении закона о противодействии отмыванию преступных доходов. По аналогичной причине лишились лицензий ООО "Национальный коммерческий банк" (18 августа 2005 года), ООО "НЭП-банк" (15 сентября 2005 года). В октябре 2005 года МВД объявило о разоблачении преступной группы, с 2004 года отмывшей $8,33 млрд при содействии чиновников Минфина и ЦБ РФ. В ее составе засветились НЭП-банк и АКБ "Родник". Также против руководителей Национального коммерческого банка возбуждено дело по фактам отмывания 50 млрд рублей.
8 сентября 2005 года на основании установления фактов существенной недостоверности отчетных данных лишился лицензии АКБ "Алмаззолото банк". КБ "Мособлинвестбанк" 14 июля 2006 года был уличен в нарушении закона о легализации доходов и неспособности удовлетворить требования кредиторов. У КБ "Макпромбанк" 5 декабря 2005 года к этому добавилось также предоставление недостоверной отчетности.