Первое дело в отношении Платона Лебедева и Михаила Ходорковского Генпрокуратура также расследовала крайне оперативно. Дело господина Лебедева, возбужденное 20 июня 2003 года, следователи завершили за два месяца — к 23 августа. Следствие по делу господина Ходорковского завершили и того быстрее, ровно через месяц после ареста, 25 ноября 2003 года. За мошенничество и неуплату налогов они были приговорены к восьми годам лишения свободы. Дело главы компании "ЮКОС-Москва" Василия Шахновского расследовали месяц — с октября по ноябрь 2003 года. Ему инкриминировалось уклонение от уплаты налогов в крупном размере, и суд приговорил его к году лишения свободы и освободил от наказания "в связи с изменением обстановки". Делом замначальника правового управления ЮКОСа Светланы Бахминой Генпрокуратура занималась чуть больше четырех месяцев, до 28 апреля 2004 года. В результате за хищения и уклонение от уплаты налогов ей назначили 6,5 лет лишения свободы.