3 апреля 2003 года замгенпрокурора Владимир Колесников заявил, что у Генпрокуратуры "есть вопросы" к Михаилу Касьянову, связанные с его распоряжением от 12 сентября 2002 года "Об увеличении объема общих допустимых уловов крабов и моллюсков 'трубач'". Документ позволил магаданским властям увеличить бесплатные квоты, которые достались компаниям, связанным с советником губернатора Викторией Тихачевой и зампредом Госкомрыболовства Юрием Москальцовым, осужденным по так называемому крабовому делу. Следствие установило, что господин Касьянов был "введен в заблуждение".
17 марта 2004 года шестеро депутатов Госдумы (Виктор Илюхин, Геннадий Гудков, Александр Хинштейн, Евгений Ройзман, Алексей Волков, Владимир Стальмахов) обратились в ФСБ, МВД и Генпрокуратуру с просьбой проверить происхождение средств, из которых формируется фонд "продолжения политической карьеры" Михаила Касьянова. По мнению депутатов, фонд пополнялся на $10 млн в месяц средствами, выводящимися из системы Госкомрыболовства. Проведенная МВД проверка Госкомрыболовства нарушений не выявила.
1 июля 2005 года Генпрокуратура по запросу депутата Госдумы Александра Хинштейна возбудила уголовное дело в отношении гендиректора ФГУП "ВПК-инвест" Рамиля Гайсина. Его обвинили в продаже госдачи "Сосновка-1" фирме, связанной с экс-премьером, за 11 млн руб. при рыночной цене в $150 млн. 10 августа Росимущество подало в арбитражный суд Москвы иск о признании недействительной сделки по продаже "Сосновки-1". 2 февраля 2006 года суд признал сделку ничтожной, но отказался вернуть дачу государству. 7 августа Росимущество подало два иска к Михаилу Касьянову — о возврате дачи государству и о денежной компенсации за снос одного из строений на ее территории. 29 января 2007 года Хорошевский райсуд Москвы приостановил рассмотрение исков на время проведения экспертиз по делу.