В декабре 1993 года Владимир Рыжков избран депутатом Госдумы от партии "Выбор России", в декабре 1995 года — от движения "Наш дом — Россия". С сентября 1997 года — первый зампред Госдумы, с 1999 года возглавлял фракцию "Наш дом — Россия".
В декабре 1999 года избран в Госдуму по Барнаульскому одномандатному округу (Алтайский край). В январе 2000 года вступил во фракцию "Единство", объяснив это близостью взглядов двух партий, в том числе в вопросе поддержки Владимира Путина на президентских выборах. 4 июля 2000 года исключен из фракции после ряда публичных выступлений против президентских законопроектов. "До сих пор мы терпимо относились к позиции нашего коллеги, однако в ходе обсуждения президентских законопроектов по укреплению вертикали власти Рыжков преступил принятые во всем мире границы парламентской демократии",— объяснил лидер фракции Борис Грызлов.
7 декабря 2003 года переизбран в Госдуму по Барнаульскому округу. В январе 2004 года вошел в число соучредителей общественного комитета "2008: Свободный выбор". В апреле 2005 года вступил в Республиканскую партию, в июне 2005 года избран ее сопредседателем. В июле 2006 года вошел в состав руководства движения "Другая Россия".