Противостояние академиков и правительства
1 сентября 2004 года Минобрнауки одобрило Концепцию участия РФ в управлении имущественными комплексами в сфере науки. Предлагалось лишить РАН статуса автономного управленца научного сектора и оставить госфинансирование только для 100 НИИ. Президиум академии потребовал отставки министра Андрея Фурсенко, академические профсоюзы провели ряд акций протеста, а президент РАН Юрий Осипов предупредил президента России Владимира Путина о "грядущей катастрофе". В итоге концепцию смягчили: за РАН признали приоритетную роль "в генерации российской научной мысли".
В феврале 2006 года РАН и правительство договорились о переводе академического сектора на отраслевую систему оплаты труда и новую тарифную сетку. Повышение зарплат предполагало сокращение персонала академии на 20%, что профсоюзные лидеры РАН назвали "уничтожением ученых".
7 сентября 2006 года правительство одобрило поправки в закон "О науке", по которым президент академии утверждается главой государства, а устав — правительством. В связи с нововведениями были отложены выборы президента РАН, и Юрий Осипов сохранил свой пост. Противники обвинили его в сделке с властями. В частности, вице-президент РАН Геннадий Месяц заявил: "Нас изнасиловали. Такого унижения академия еще не испытывала". Подписанная президентом 5 декабря окончательная редакция закона еще больше ограничила права РАН. В зависимость от решений правительства было поставлено финансирование академических институтов и управление их имуществом.
В феврале 2007 года правительство разработало проект устава РАН, который превращал академию в "клуб ученых". Президиум лишался финансовых и административных полномочий, а реально управлять академией должен был наблюдательный совет, состоящий в основном из представителей власти. 28 марта общее собрание РАН единогласно приняло свой вариант устава, в котором не было учтено ни одно из пожеланий правительства. В ответ статс-секретарь Минобрнауки Дмитрий Ливанов, отвечавший в ведомстве за реформу РАН, предупредил академиков, что устав не будет утвержден правительством. 30 марта господин Ливанов был освобожден от должности в связи с переходом на другую работу.