Родился в 1947 году в ауле Гудри-Олум Туркменской ССР в семье офицера-пограничника. Окончил Московский инженерно-строительный институт (1969) и Высшую школу КГБ СССР (1974). С 1962 года работал в строительно-монтажном управлении треста "Ашхабадстрой", после окончания вуза трудился мастером, прорабом в тресте "Туркменсантехмонтаж". С 1972 года в органах госбезопасности, был секретарем парткома КГБ СССР. В начале 90-х годов XX века возглавлял томское управление КГБ (затем агентство федеральной безопасности, министерство безопасности, федеральную службу контрразведки (ФСК)). В конце 1994 года стал заместителем директора ФСК (затем федеральной службы безопасности (ФСБ)) Сергея Степашина. В 1995 году неоднократно выезжал в Чечню, координируя там действия спецслужб. После отставки господина Степашина сохранил пост замдиректора ФСБ при новых руководителях — Михаиле Барсукове, затем Николае Ковалеве. Одновременно возглавлял управление контрразведывательного обеспечения стратегических объектов, департамент контрразведки. В 1997 году стал первым заместителем директора ФСБ. С июля 1998 года работал под руководством Владимира Путина.
В марте 1999 года господин Путин стал директором ФСБ и одновременно секретарем совета безопасности. Вскоре — в начале апреля того же года — он перевел господина Соболева из контрразведки на должность заместителя секретаря совбеза. Здесь Валентин Соболев курировал управление государственной и общественной безопасности, работая под началом четырех секретарей совбеза — Владимира Путина, Сергея Иванова, Владимира Рушайло и Игоря Иванова.