Начальник отдела внутренней экономической безопасности НК ЮКОС Алексей Пичугин был задержан 19 июня 2003 года. 26 июня 2003 года Генпрокуратура предъявила ему обвинение в убийстве тамбовского бизнесмена Сергея Горина и его жены. Супруги были похищены в ноябре 2002 года, их тела так и не нашли. В августе 2003 года Пичугина обвинили в покушениях на сотрудницу мэрии Москвы Ольгу Костину и сотрудника "Роспрома" Сергея Колесова, а также в угрозе убийством предпринимателю Сергею Лобикову. Господина Колесова избили летом 1998 года, у дверей квартиры госпожи Костиной в ноябре того же года взорвалась бомба.
4 июня 2004 года дело передано в Мосгорсуд. В ходе процесса эпизод с господином Лобиковым был снят в связи с истечением срока давности. По остальным обвинениям Мосгорсуд признал Алексея Пичугина виновным, и 30 марта 2005 года он был приговорен к 20 годам колонии строгого режима. 14 июля законность приговора подтвердил Верховный суд.
14 апреля 2005 года Генпрокуратура обвинила Алексея Пичугина в организации убийств директора торговой фирмы "Феникс" Валентины Корнеевой, мэра Нефтеюганска Владимира Петухова и двух покушениях на управляющего компании East Petroleum Handelsgas GmbH Евгения Рыбина. Госпожа Корнеева была застрелена 21 января 1998 года, мэр Петухов — 26 июня того же года. Покушения на господина Рыбина совершены осенью 1998 и весной 1999 годов. 6 марта 2006 года дело передано в Мосгорсуд, который 17 августа 2006 года добавил Алексею Пичугину еще четыре года строгого режима. Однако прокуратура посчитала вынесенный приговор слишком мягким и обжаловала его в Верховном суде, попросив приговорить подсудимого к пожизненному заключению. 21 февраля 2007 года Верховный суд РФ направил дело на новое рассмотрение.