11 августа 2004 года прокуратура Самарской области возбудила уголовное дело в отношении руководства ОАО "Волготанкер" по факту незаконного возмещения НДС за 1999-2005 годы на сумму около 988 млн руб. Фигурантами дела стали экс-председатель совета директоров ОАО "Волготанкер" Александр Александрович, исполнительный директор управляющей компании "Волготанкер-АМС" Андрей Азаров, глава датской компании Volgotanker Marine Services Илья Канцнельсон, главбух ОАО Любовь Базильская, руководитель службы безопасности компании Евгений Артюхов, руководитель отдела судоходной политики "Волготанкера" Юрий Исаичев и руководитель самарского филиала пароходства Владимир Коряков. Общая сумма ущерба, по версии следствия, нанесенного государству руководством "Волготанкера", за годы разбирательства достигла 9,5 млрд руб.
В феврале 2005 года облпрокуратура обвинила в мошенничестве и легализации незаконных доходов Александра Александровича, Андрея Азарова и Илью Канцнельсона, скрывающихся в Великобритании. Дело в их отношении выделили в отдельное производство. Все трое были объявлены в международный розыск, в октябре 2005 года Самарский райсуд выдал санкцию на их арест.
В октябре 2005 года был арестован флот "Волготанкера" (более 300 судов). В ноябре решением Самарского облсуда наложен арест на 73,8% акций пароходства, зарегистрированных на офшорные компании.
В ноябре 2006 года уголовное дело в отношении Любови Базильской, Евгения Артюхова, Юрия Исаичева и Владимира Корякова передано в суд.
В июне 2007 года инспекция Федеральной налоговой службы подала в арбитражный суд Москвы иск с требованием признать пароходство банкротом.