Проблемы Юрия Шефлера с властями начались в конце 2001 года, когда Роспатент на основе решения президиума Верховного суда от 16 октября 2001 года перерегистрировал на Минсельхоз принадлежащие бизнесмену права на 43 советские водочные марки (Stolichnaya, Moskovskaya, Russkaya и др.). Принадлежащей бизнесмену компании SPI пришлось свернуть деятельность в России и сконцентрироваться на производстве за границей. Федеральное казенное предприятие "Союзплодоимпорт", получившее в управление эти брэнды, начало оспаривать права SPI за рубежом.
30 июля 2002 года Генпрокуратура возбудила против Юрия Шефлера дело по ст. 119 УК РФ ("Угроза убийством") по заявлению гендиректора "Союзплодоимпорта" Владимира Логинова. Он сообщил, что господин Шефлер угрожал ему в телефонном разговоре. Бизнесмен был объявлен в розыск, поскольку в момент предъявления обвинения находился за границей. С того времени он постоянно проживает за рубежом.
29 ноября 2003 года Верховный суд РФ по ходатайству Центризбиркома отменил регистрацию господина Шефлера кандидатом в депутаты Госдумы от СПС. Основанием отмены стала графологическая экспертиза ФСБ, установившая, что его подпись на заявлении о согласии баллотироваться является поддельной.
В июле 2007 года Юрию Шефлеру было предъявлено заочное обвинение в контрабанде алкогольной продукции, организации преступного сообщества и незаконном использовании товарных знаков, право на выпуск которых принадлежит Российской Федерации.