30 мая 1991 года около Хасавюрта (Дагестан) в поезде Москва--Баку произошел взрыв, 11 человек погибли. 31 июля поезд того же маршрута подорван около дагестанской станции Темиртау, погибли 16 человек. Суд оправдал обвиняемых в этих терактах сотрудников спецслужб Армении.
1 марта 1993 года на перегоне Гудермес--Грозный взрывом в вагоне поезда Кисловодск--Баку убиты 13 человек, 12 ранены. МВД РФ обвинило "чеченских бандитов".
13 апреля 1994 года на станции Дагестанские Огни около Дербента в поезде Москва--Баку произошел взрыв. Погибли шесть человек, три ранены. Теракт не раскрыт.
22 апреля 1994 года в поезде Тамбов--Санкт-Петербург произошел взрыв, возникший пожар уничтожил хвостовой вагон. Пассажиров удалось эвакуировать, жертв не было.
21 июля 1994 года пассажирский поезд Хабаровск--Москва сошел с рельсов в результате подрыва полотна в Читинской области. 20 человек ранены.
16 августа 1995 года после отправления поезда Казань--Москва в служебном купе произошел взрыв, проводница получила сильные ожоги. Преступники не найдены.
12 августа 1996 года под поездом Волгоград--Астрахань взорвалась бомба, погиб один человек, восемь ранены.
27 июня 1997 года в поезде Москва--Санкт-Петербург произошел взрыв. Погибли 5 человек, 14 ранены.
3 сентября 2003 года около Ессентуков под вагоном электропоезда Кисловодск--Минводы сработали два взрывных устройства. 6 человек погибли, 39 ранены. 29 июня 2004 года Ставропольский краевой суд приговорил организатора теракта Ибрагима Исрапилова к 20 годам колонии.
20 октября 2003 года у ингушского села Далаково под поездом Назрань--Москва, перевозившим омоновцев из Кемерова, взорвалась бомба. Два человека ранены. Рядом обнаружили более мощное взрывное устройство, которое не сработало.
5 декабря 2003 года в электричке Кисловодск--Минводы у Ессентуков взорвался смертник. Погибли 47 человек, 233 ранены. Заказчиком теракта объявили Шамиля Басаева.
29 мая 2004 года в 30 км от Владикавказа в результате взрыва сошли с рельсов семь вагонов поезда, следовавшего из Москвы. Никто не пострадал. Теракт не раскрыт.
10 июня 2004 года в Наурском районе Чечни на перегоне Алпатово--Ищерская под воинским эшелоном раздался взрыв. Погиб один, ранены два военных. Теракт не раскрыт.
12 июня 2005 года в 150 км от Москвы на пути поезда Грозный--Москва произошел взрыв. Локомотив и два следующих за ним вагона сошли с рельсов. Никто не пострадал. Виновные в теракте пойманы и 10 апреля 2007 года приговорены к 18 и 19 годам тюрьмы.