За участие в беспорядках в Кондопоге 1-2 сентября 2006 года был задержаны более 220 человек. На 12 человек заведено уголовное дело, еще 199 привлечены к административной ответственности (в том числе 47 арестованы на 15 суток).
2 сентября 2006 года арестован зачинщик драки в кафе "Чайка" (в ней были убиты два местных жителя, что и спровоцировало беспорядки) ранее судимый Сергей Мозгалев. 2 ноября в Санкт-Петербурге задержан второй зачинщик — Юрий Плиев. Прокуратура Карелии обвинила их по ст. 116 ("Побои") и ст. 213 ("Хулиганство"). 27 марта 2007 года горсуд Кондопоги приговорил Сергея Мозгалева к трем с половиной годам, а Юрия Плиева — к восьми месяцам лишения свободы.
4 сентября 2006 года арестованы шестеро кавказцев, участвовавших в драке в "Чайке": Ислам Магомадов, Асламбек Баканаев, Магомед Камилов, Магомед Ахмадов, Герихан Магомадов и Саид-Магомед Эдильсултанов. Ислам Магомадов обвиняется по ст. 105 ("Убийство"), остальные по ст. 213 ("Хулиганство"), ст. 111 ("Умышленное причинение тяжкого вреда здоровью") и ст. 112 ("Умышленное причинение средней тяжести вреда здоровью"). С 7 августа 2007 года дело рассматривает Верховный суд Карелии.
В ноябре 2006 года прокуратура Карелии возбудила дело по ст. 282 ("Возбуждение ненависти либо вражды") против лидера Движения против нелегальной иммиграции Александра Поткина (Белова). Поводом послужили его выступления 8 и 9 сентября на телеканалах "ТВ-Центр" и РЕН ТВ, в которых он заявил, что чеченцы "убивали всех, кто там находился, резали, отрезали уши, глаза выкололи парню..." 23 мая 2007 года дело прекращено за отсутствием состава преступления.
12 февраля 2007 года прокуратура Карелии предъявила обвинение по ст. 293 ("Халатность") замначальника милиции общественной безопасности МВД Карелии Виктору Высоких. 1 марта обвинение по той же статье предъявлено дежурному Кондопожского ГОВД Алексею Костину, а 26 марта — экс-начальнику Кондопожского ГОВД Александру Чечельницкому. По мнению прокуратуры, милиционеры "ненадлежаще исполнили свои обязанности" и не пресекли беспорядки. Они находятся под подпиской о невыезде, следствие продолжается.