Владимир Высоцкий стал четвертым главнокомандующим российским флотом в новейшей истории и 21-м — с 1917 года.
Первым главкомом ВМФ России 19 августа 1992 года назначен Феликс Громов, находившийся на этом посту 1906 дней, до 7 ноября 1997 года. За время его руководства финансирование ВМФ ощутимо снизилось, перестали закладываться новые корабли, с флота ушло много квалифицированных специалистов. Число боевых кораблей снизилось с 575 примерно до 200. Многих адмиралов подозревали в коррупции (самым высокопоставленным из них стал начальник штаба ВМФ Игорь Хмельнов). Был разделен Черноморский флот (впрочем, России удалось добиться базирования своих кораблей в Севастополе). В то же время проблемы ВМФ во многом были связаны не с личностью адмирала Громова, а с общей кризисной ситуацией в стране в первой половине 1990-х годов.
Владимир Куроедов руководил флотом 2858 дней, с 7 ноября 1997 до 4 сентября 2005 года. В этот период продолжилось сокращение флота, была закрыта военно-морская база в порту Камрань (Вьетнам). Одновременно вошли в строй новые корабли, например тяжелый атомный крейсер "Петр Великий". Были заложены несколько корветов нового проекта 20 380 и подлодка проекта 677. Будущее флота главком видел в "уходе от кораблей большого класса". При адмирале Куроедове произошли катастрофы подводных лодок К-141 "Курск" в 2000 году (погибли 118 человек) и К-159 в 2003 году (погибли 9 моряков). В обоих случаях спасательные операции ВМФ завершились безрезультатно. Спасти моряков из затонувшего подводного аппарата — батискафа АС-28 удалось лишь однажды, в августе 2005 года, с помощью британских и американских специалистов.
Владимир Масорин, командовавший ВМФ с 4 сентября 2005 по 13 сентября 2007 года, пробыл на посту меньше всех главкомов ВМФ СССР и России в период после второй мировой войны — 739 дней. Благодаря улучшению экономической ситуации в стране в этот период были несколько ускорены темпы строительства надводных кораблей и субмарин. Продолжились испытания новой ракеты "Булава" для подводных лодок. Одновременно продолжалось сокращение корабельного состава из-за отсутствия средств на ремонт. Адмирал Масорин прославился громкими заявлениями о масштабных планах модернизации флота. Например, в июне 2007 года он пообещал построить шесть авианосцев и довести численность кораблей основных классов до 300.