Структура, ответственная за молодежную политику, появилась в правительстве РФ в августе 1991 года. Тогда был создан госкомитет РСФСР по делам молодежи, который возглавил экс-секретарь ЦК ВЛКСМ Андрей Шаронов. В конце 1991 года в ходе формирования нового правительства госкомитет по делам молодежи исчез из списка федеральных ведомств, а господин Шаронов стал полномочным представителем правительства по делам молодежи. 16 сентября 1992 года появился комитет по делам молодежи при правительстве РФ, который вновь возглавил Андрей Шаронов.
В январе 1994 года комитет был упразднен, а его функции переданы госкомитету по делам молодежи, физкультуре и туризму. Однако в мае того же года Андрей Шаронов добился воссоздания структуры и вновь возглавил ее. 23 декабря 1996 года господин Шаронов перешел работать в Министерство экономики, а его место в госкомитете по делам молодежи заняла Татьяна Новикова. 30 апреля 1998 года при утверждении правительства Сергея Кириенко "молодежный" госкомитет вновь упразднили. Однако уже 14 мая Госдума обратилась к президенту Борису Ельцину с просьбой восстановить структуру, отвечающую за молодежную политику. 24 июня эти функции переданы Министерству труда и социального развития, где появился департамент по делам молодежи.
22 сентября 1998 года госкомитет по делам молодежи был вновь воссоздан — теперь в правительстве Евгения Примакова. 12 октября его возглавил Виктор Деникин. 25 мая 1999 года при формировании правительства Сергея Степашина структура сменила название на госкомитет по молодежной политике, но сохранила руководителя. Господин Деникин сохранил свой пост и в кабинете Владимира Путина. Наконец, 17 мая 2000 года при формировании правительства Михаила Касьянова комитет упразднен в четвертый раз, а его функции переданы департаменту по молодежной политике Министерства образования.
17 июня 2004 года, после формирования правительства Михаила Фрадкова и административной реформы, функции руководства молодежной политикой перешли к управлению по делам молодежи Федерального агентства по образованию.