Начало конфликту между генпрокурором Юрием Чайкой и его заместителем Александром Бастрыкиным было положено почти за год до создания следственного комитета при прокуратуре РФ. Тогда, осенью прошлого года, генпрокурор Чайка издал распоряжение о распределении обязанностей между заместителями генпрокурора Виктором Гринем (давний знакомый Юрия Чайки, приглашенный им на работу в Москву из Красноярского края) и господином Бастрыкиным. Согласно документу, господину Гриню было поручено курировать предварительное расследование уголовных дел, а господину Бастрыкину — надзор за следствием. Однако генпрокурор указал в распоряжении, что при расхождении во мнениях его замов Гриня и Бастрыкина по тому или иному вопросу уголовного преследования приоритет принадлежит указаниям, данным Виктором Гринем. Александр Бастрыкин счел это распоряжение господина Чайки необоснованным, так как, согласно действовавшему тогда УПК РФ, главный надзирающий прокурор, коим являлся господин Бастрыкин, вправе был отменить любое решение следователей, которых возглавлял господин Гринь.
После же создания в сентябре этого года следственного комитета при прокуратуре РФ (в составе самой прокуратуры остались гособвинители и так называемый общий надзор), который возглавил в ранге первого заместителя генпрокурора Александр Бастрыкин, его взаимоотношения с руководством Генпрокуратуры ухудшились на почве дележа имущества и средств, выделенных на содержание следователей органов прокуратуры, а также дележа многоэтажного здания в Техническом переулке, в котором несколько этажей занимало управление по расследованию особо важных дел Генпрокуратуры. Господин Бастрыкин, по сведениям Ъ, отдал распоряжение освободить от сотрудников прокуратуры все это здание, оставив в нем лишь структурные подразделения следственного комитета. Однако прокурорам выезжать некуда: новое здание, которое строится для Генпрокуратуры на Петровке, будет готово к новоселью лишь в начале будущего года. В свою очередь, финансисты Генпрокуратуры саботируют передачу денег управлению делами СК на содержание следственного аппарата. Этому вопросу было посвящено, в частности, недавнее координационное совещание с руководителями следственных управлений субъектов РФ, на котором глава СК Александр Бастрыкин заявил, что из-за отсутствия финансирования он не может заполнить множество вакансий в аппарате СК. В Генпрокуратуре же господина Бастрыкина обвиняют в том, что он оставил без работы, не взяв в СК, начальника управления по расследованию особо важных дел Генпрокуратуры Сергея Иванова, трех его заместителей и 11 следователей, которых ведомство Юрия Чайки, согласно Трудовому кодексу, теперь обязано трудоустроить на должности, соответствующие прокурорским званиям каждого из уволенных.