За участие в беспорядках в Кондопоге 1-2 сентября 2006 года задержаны более 220 человек. 199 привлечены к административной ответственности (в том числе 47 арестованы на 15 суток).
2 сентября и 2 ноября 2006 года взяты под стражу зачинщики драки в кафе "Чайка" (в ней были убиты два местных жителя, что спровоцировало беспорядки), ранее судимый Сергей Мозгалев и Юрий Плиев. Им предъявлено обвинение по ст. 116 "Побои" и ст. 213 "Хулиганство" УК РФ. 27 марта 2007 года горсуд Кондопоги приговорил Сергея Мозгалева к трем с половиной годам, а Юрия Плиева — к восьми месяцам лишения свободы.
4 сентября задержаны шестеро кавказцев, участвовавших в драке в "Чайке": Ислам Магомадов, Асламбек Баканаев, Магомед Камилов, Магомед Ахмадов, Герихан Магомадов и Саид-Магомед Эдильсултанов. Первый обвиняется по ст. 105 УК "Убийство", остальные по ст. 213 "Хулиганство", 111 "Умышленное причинение тяжкого вреда здоровью" и 112 "Умышленное причинение средней тяжести вреда здоровью". 7 августа 2007 года дело начал рассматривать Верховный суд Карелии. 27 сентября оно возвращено в прокуратуру для устранения ошибок в переводе обвинительного заключения на чеченский язык.
В ноябре 2006 года прокуратура Карелии возбудила дело по ст. 282 "Возбуждение ненависти либо вражды" против лидера Движения против нелегальной иммиграции Александра Поткина (Белова). Поводом послужили его выступления 8 и 9 сентября на телеканалах "ТВ Центр" и РЕН ТВ, в которых он заявил, что чеченцы "убивали всех, кто там находился, резали, отрезали уши, глаза выкололи парню...". 23 мая 2007 года дело прекращено за отсутствием состава преступления.
12 февраля 2007 года прокуратура Карелии предъявила обвинение по ст. 293 "Халатность" замначальника милиции общественной безопасности МВД Карелии Виктору Высоких. 1 марта обвинение по той же статье предъявлено дежурному Кондопожского ГОВД Алексею Костину, 26 марта — экс-начальнику Кондопожского ГОВД Александру Чечельницкому. По мнению прокуратуры, милиционеры "ненадлежаще исполнили свои обязанности" и не пресекли беспорядки. Они находятся под подпиской о невыезде. 29 октября дело Виктора Высоких направлено в Верховный суд Карелии. Полковник ходатайствовал о его рассмотрении судом присяжных. Расследование остальных дел против сотрудников милиции продолжается.