Дмитрий Медведев с 1999 по 2007 год успел поучаствовать в большинстве крупных конфликтов во власти, не ассоциируясь с ними напрямую. Он возглавлял "Газпром", когда руководство им отбирали у Рема Вяхирева, участвовал в неудачной попытке поглощения "Газпромом" "Роснефти", решал телевизионные конфликты и защищал от отставки Михаила Зурабова. Впрочем, почти во всех конфликтах участие господина Медведева можно было считать номинальным — несмотря на то, что под его контролем к 2007 году находится существенная доля экономики, в его влиятельности всегда было принято сомневаться.
Скорость, с которой Дмитрий Медведев получил под контроль ресурсы госкомпаний, уже в 2000 году могла бы насторожить — не проработав и года во властных структурах сначала заместителем главы аппарата правительства Дмитрия Козака, а затем главы администрации президента Александра Волошина, в июне 2000 года он неожиданно был избран председателем совета директоров "Газпрома". Опыт работы в советах директоров АО у него уже был (в 1998 году он был членом совета директоров Братского ЛПК и других структур группы "Илим Палп"), но предсказать, что специалист по гражданскому праву сменит на посту главы совета "Газпрома" создателя этой компании Виктора Черномырдина, не мог никто.
В течение года Дмитрий Медведев спокойно уживался с председателем правления "Газпрома" Ремом Вяхиревым, однако в мае 2001 года господина Вяхирева сменил на этом посту Алексей Миллер. Дмитрий Медведев в феврале 2002 года даже уступил пост председателя совета директоров компании господину Вяхиреву, но в августе 2002 года вернулся, взяв господина Вяхирева в советники.
Вряд ли можно было считать господина Медведева "декоративным" главой совета в "Газпроме": именно в его офисе и под его руководством летом 2001 года велись переговоры с консорциумом инвесторов с участием Тэда Тернера и Джорджа Сороса, которые предполагали купить НТВ у Владимира Гусинского, к тому моменту уже покинувшему Россию. Переговоры были неудачными — возобладал "силовой" подход к решению проблемы НТВ, закончившемуся окончательным переходом телекомпании под контроль "Газпром-медиа".
С апреля 2001 года господин Медведев занимался проектом либерализации рынка акций "Газпрома". Уже к концу 2001 года проект был готов, но в реальности либерализация, объединяющая ранее разделенные фондовые рынки "Газпрома" в России и за ее пределами, была утверждена Владимиром Путиным 23 декабря 2005 года. Задержка была связана с требованием президента довести долю государства в "Газпроме" до контрольной: для этого 10,7% акций "Газпрома" было выкуплено АО "Роснефтегаз" у дочерних структур компании в июне 2005 года.
Дмитрий Медведев как опытный корпоративный юрист (он с 1994 года занимался строительством корпоративной структуры "Илим Палп") участвовал в создании схемы национализации "Газпрома" — и, очевидно, в лоббистской борьбе, связанной с приватизацией "Роснефти" и определением судьбы активов ЮКОСа. Напрямую идея слияния "Газпрома" и "Роснефти" никогда не ассоциировалась с именем господина Медведева — однако именно он по должности должен обсуждать ее, в том числе с Владимиром Путиным как глава администрации президента с октября 2003 года, то есть с момента начала ликвидации ЮКОСа. Напомним, главным оппонентом идеи поглощения "Газпромом" "Роснефти" был председатель совета директоров "Роснефти" Игорь Сечин — заместитель господина Медведева в администрации президента.
Деятельность господина Медведева на посту главы администрации президента в экономике была непубличной, а официально государственными ресурсами господин Медведев начал распоряжаться только после назначения первым вице-премьером в ноябре 2005 года. Но лишь в 2006 году стало понятно, что на четыре "национальных проекта", которые стал курировать господин Медведев в новом статусе, правительство будет выделять деньги — в сумме около 110 млрд руб. в 2006 году и 260 млрд руб. в 2007-м. Отметим, что вместе с нацпроектами Дмитрий Медведев получил под формальный контроль как первый вице-премьер и другие важные отрасли — от природопользования и миграционной политики до взаимодействия правительства с судебной властью и прокуратурой, а также проведения госполитики в сфере юстиции.
Впрочем, влияние господина Медведева в этих сферах не демонстрировалось почти никогда. А вот терпеть поражения Дмитрию Медведеву приходилось нередко: так, в сентябре 2007 года он не смог помешать отставке главы Минздравсоцразвития Михаила Зурабова, хотя публично сомневался в ее необходимости. По итогам же перераспределения полномочий вице-премьеров после назначения премьер-министром Виктора Зубкова Дмитрий Медведев выиграл — под его контроль перешло Министерство регионального развития, который возглавил первый руководитель господина Медведева в правительстве Дмитрий Козак. Но, как и во всех других случаях, в реальном контроле со стороны Дмитрия Медведева над приданным ему хозяйством принято сомневаться.