В январе 2007 года Николая Рудьковского обвинили в организации приезда на Украину представителей туркменской оппозиции, что расценивалось как превышение служебных полномочий, повлекшее за собой осложнение отношений между Украиной и Туркменией (последний раз Ъ сообщал об этом 25 января).
4 сентября 2007 года Николай Рудьковский заявил в прямом телеэфире о подготовке секретариатом президента Украины масштабной катастрофы с человеческими жертвами (см. Ъ от 6 сентября). 14 сентября СБУ, проанализировав это заявление и не найдя ему подтверждения, обратилась в ГПУ с представлением о возбуждении уголовного дела в отношении Рудьковского за распространение заведомо неправдивой информации. Впоследствии уголовное дело решили не возбуждать "в связи с отсутствием состава преступления".