В августе 2003 года ЗАО "Нерль" приобрело доли в ряде сельхозпредприятий Рузского района Московской области. На эти активы также претендовала компания "Вашъ финансовый попечитель" (ВФП) Василия Бойко. В итоге стороны заключили мировую, и в 2006 году ВФП выкупила доли "Нерли" в совхозах.
Летом 2004 года структура, близкая "Нерли", купила 10% акций компании "Моспромстрой". Одновременно около 25% актива получила группа "Росбилдинг". Однако сменить менеджмент предприятия им не удалось. В 2006 году эти доли выкуплены компанией НВК, принадлежащей акционерам Бинбанка.
С 2004 года в интересах акционеров ЗАО "Нерль" фирма "Евразия: отели и курорты" скупала трехзвездные отели в Санкт-Петербурге ("Советская"), Самаре ("Националь"), Уфе, Костроме, Астрахани, Владивостоке, Мурманске. В 2006 году семь отелей объединены под брендом "Азимут Сеть отелей".
В 2005 году через ООО "Диал-групп" "Нерль" скупила у миноритарных акционеров 11,3% акций оборонного института "Фазотрон-НИИР", владеющего 15 га земли в Москве. Однако довести пакет до контрольного компании не удалось.
Летом 2006 года компания купила 100% Савеловского рынка, одной из крупнейших в Москве точек по продаже электроники. Ранее активом владели несколько физических лиц, конфликтовавших друг с другом. Единственной возможностью разрешить конфликт стала полная продажа рынка. Сделка оценивалась в $30-40 млн.