22 января 2002 года Генпрокуратура провела обыск в квартире экс-подполковника ФСБ и адвоката Михаила Трепашкина, подозреваемого в связях с политэмигрантом Александром Литвиненко. В результате были обнаружены патроны и секретные служебные документы. 26 марта 2003 года ему предъявили обвинение в разглашении гостайны и хранении боеприпасов.
22 октября 2003 года Михаил Трепашкин был задержан сотрудником ДПС в Подмосковье после обнаружения пистолета в его автомобиле. Дмитровский суд санкционировал арест.
19 мая 2004 года Московский окружной военный суд приговорил его к четырем годам колонии-поселения за разглашение гостайны. 15 апреля 2005 года Дмитровский городской суд приговорил Михаила Трепашкина еще к году тюрьмы за хранение пистолета, позже приговор отменен Мособлсудом "за непричастностью к событию преступления".
19 августа 2005 года Тагилстроевский райсуд Нижнего Тагила удовлетворил ходатайство господина Трепашкина об условно-досрочном освобождении. 29 августа он вышел на свободу. 16 сентября решение отменено Свердловским облсудом по ходатайству Генпрокуратуры. 18 сентября экс-адвокат задержан в Москве и отправлен в нижнетагильскую колонию-поселение.
9 марта 2007 года райсуд Нижнего Тагила по ходатайству администрации колонии принял решение о переводе Михаила Трепашкина в колонию общего режима из-за "неоднократных нарушений дисциплины".
19 июля 2007 года Европейский суд по правам человека присудил выплатить Трепашкину €3 тыс. за "бесчеловечное обращение", которому он подвергся в октябре--ноябре 2003 года в СИЗО подмосковных Дмитрова и Волоколамска.
15 ноября 2007 года Свердловский облсуд подтвердил решение об ужесточении режима Михаилу Трепашкину. Одновременно он отклонил ходатайство прокуратуры о продлении срока заключения на 19 дней, которые осужденный отгулял в результате УДО в 2005 году. 30 ноября 2007 года Михаил Трепашкин вышел на свободу.