В декабре 1991 года Россия выступила одним из основателей Совета североатлантического партнерства, созданного для сотрудничества НАТО со странами бывшего Варшавского договора. 22 июня 1994 года Москва присоединилась к программе НАТО "Партнерство ради мира".
27 мая 1997 года в Париже подписан акт о взаимных отношениях, сотрудничестве и безопасности, учредивший совместный постоянный совет (СПС) Россия--НАТО. Москва согласилась на расширение альянса, получив гарантии, что на территории новых членов не будут размещаться ядерное оружие и наращиваться вооруженные силы. 18 марта 1998 года учреждено представительство РФ при НАТО.
24 марта 1999 года после начала бомбардировок Югославии силами НАТО Россия прервала все контакты с блоком, отозвала постпреда из Брюсселя и выдворила из Москвы сотрудников альянса. Уже 23 июня возобновились заседания СПС по вопросам, связанным с Косово.
16 февраля 2000 года генсек НАТО Джордж Робертсон встретился в Москве с и. о. президента РФ Владимиром Путиным и договорился о восстановлении контактов в полном объеме. 5 марта в интервью телеканалу BBC господин Путин не исключил возможности вступления Москвы в альянс, "если с интересами России будут считаться".
28 мая 2002 года в Риме подписана декларация "Отношения Россия--НАТО: новое качество". Вместо СПС был создан совет Россия--НАТО, заменивший двусторонний формат консультаций ("НАТО + 1") на формат "двадцатки".
21 ноября 2002 года на саммите в Праге приглашение вступить в НАТО получили семь бывших соцстран, в том числе государства Балтии. Россия потребовала присоединения последних к Договору об обычных вооруженных силах в Европе (ДОВСЕ). Блок увязал этот вопрос с выводом российских баз из Грузии и Приднестровья. Страны Балтии к ДОВСЕ не присоединились, и 13 июля 2007 года Владимир Путин подписал указ о приостановлении действия договора.
7 декабря 2007 года на саммите в Брюсселе страны НАТО приняли решение о дальнейшем расширении альянса уже в 2008 году и констатировали, что не могут договориться с РФ ни по одной из международных проблем. 10 января 2008 года постпредом при НАТО назначен Дмитрий Рогозин, известный своими критическими высказываниями в адрес альянса.