22 февраля 2001 года британский премьер Тони Блэр заявил о полной поддержке американской программы ПРО, хотя ранее обещал быть посредником между РФ и США в этом вопросе.
В марте 2001 и августе 2002 года за шпионаж в пользу России арестованы два сотрудника оборонной компании BAE Systems Avionics.
12 сентября 2002 года суд Лондона отказал в экстрадиции бизнесмена Бориса Березовского. Аналогичные решения приняты в отношении экс-главы ЛогоВАЗа Юлия Дубова и вице-премьера Ичкерии Ахмеда Закаева. Они получили политическое убежище.
С 2004 года британский МИД регулярно включал Россию в списки стран--нарушителей прав человека. Последнее такое решение принято в марте 2008 года.
7 июня 2004 года МВД РФ обвинило Британский совет в незаконной коммерческой деятельности и неуплате налогов. 10 июня после встречи лидеров двух стран претензии были сняты.
В марте 2005 года суд Лондона не выдал сотрудников ЮКОСа Дмитрия Маруева, Наталью Чернышеву и Александра Темерко, посчитав, что их преследуют по политическим мотивам.
22 января 2006 года телеканал "Россия" показал документальный фильм "Шпионы", в котором сотрудники посольства Великобритании обвинялись в шпионаже и незаконном финансировании общественных организаций.
В июле 2006 года посол Британии Энтони Брентон посетил оппозиционный форум "Другая Россия", после чего движение "Наши" провело ряд акций, требуя от него извинений.
23 ноября 2006 года в Лондоне от отравления полонием умер политэмигрант Александр Литвиненко. 22 мая 2007 года обвинение в убийстве предъявлено бывшему офицеру спецслужб РФ Андрею Луговому. В ответ на отказ в его экстрадиции Британия ввела визовые ограничения для чиновников и выслала четырех российских дипломатов.
25 октября 2007 года МИД России потребовал лишить консульского иммунитета филиалы Британского совета в регионах. 17 января 2008 года совет после "разъяснительной работы" ФСБ с его российскими сотрудниками временно закрыл филиалы.
19 марта 2008 года в московских офисах ТНК-ВР и ВР прошли выемки документов в рамках дела сотрудников компаний Ильи и Александра Заславских, обвиняемых в промышленном шпионаже. 25 марта 148 сотрудников ТНК-BP отозваны в Лондон из-за проблем с визами.
2 апреля 2008 года политическое убежище в Великобритании получила бывшая журналистка кремлевского пула Елена Трегубова.