4 марта 2002 года в Грозном произошел конфликт между охраной главы администрации республики Ахмата Кадырова и сотрудниками Управления Федеральной службы безопасности по Чечне, задержавшими охранника господина Кадырова, который с 1998 года находился в федеральном розыске. Глава администрации потребовал освободить задержанного, однако сотрудники Федеральной службы безопасности ответили отказом. По версии СМИ, после этого охрана господина Кадырова на некоторое время полностью блокировала здание контрразведки. Позже в УФСБ утверждали, что происшедшее было лишь мелким "бытовым скандалом", а Ахмат Кадыров отрицал задержание своего охранника.
В феврале 2006 года бойцы расформированного отряда спецназа "Горец" отказались сдать оружие и перейти в подконтрольную премьер-министру Чечни Рамзану Кадырову структуру МВД республики. После этого они были блокированы чеченскими милиционерами на своей базе. В ноябре члены "Горца" согласились сложить оружие под личные гарантии премьера Кадырова.
25 апреля 2006 года в Грозном сторонники премьер-министра Чечни Рамзана Кадырова открыли огонь по охранникам президента республики Алу Алханова, отказавшимся пустить премьера на встречу президента с главой Счетной палаты РФ Сергеем Степашиным. В результате погиб один охранник, трое получили ранения. Сам господин Кадыров назвал столкновение "бытовой ссорой".
Иногда конфликты с участием сотрудников силовых ведомств Чечни происходили за пределами республики. 18 ноября 2006 года в Москве на Ленинском проспекте сотрудники МВД Чечни застрелили бывшего командира отряда "Горец" подполковника ФСБ Мовлади Байсарова, находившегося в розыске по подозрению в похищениях людей. Прокуратура Южного округа Москвы прекратила дело против милиционеров, признав законность применения оружия.