В 2003-2005 годах старший следователь по особо важным делам Генпрокуратуры Валерий Хомицкий возглавлял расследование убийства гендиректора ОАО "Концерн ПВО "Алмаз-Антей"" Игоря Климова, застреленного 6 июня 2003 года в Москве. В июле--октябре 2004 года задержана банда, осуществившая преступление. В октябре 2005 года Мосгорсуд приговорил главаря бандитов Евгения Манькова к пожизненному заключению, непосредственного убийцу Александра Бурукина к 23 годам, еще пятеро соучастников получили от 22 до 24 лет. 3 июля 2007 года предполагаемый заказчик коммерческий партнер Игоря Климова Константин Братчиков оправдан присяжными. Верховный суд отменил приговор и направил дело на новое рассмотрение.
В 2005 году следователь Хомицкий участвовал в расследовании бесланского теракта. СМИ сообщали, что он присутствовал при следственном эксперименте, показавшем, что выстрел из огнемета "Шмель" не мог спровоцировать пожар в школе. Некоторые родственники погибших детей выразили недоверие эксперименту, проведенному без их участия.
С сентября 2006 года Валерий Хомицкий руководил следственной группой, искавшей убийц первого зампреда ЦБ РФ Андрея Козлова. Уже в октябре арестовали предполагаемых исполнителей убийства, а вскоре взяли посредников и возможного заказчика — банкира Алексея Френкеля. В настоящий момент дело рассматривается в Мосгорсуде.
4 сентября 2007 года Валерий Хомицкий введен в состав бригады, расследующей убийство журналистки Анны Политковской. 3 апреля 2008 года экс-начальник главного следственного управления следственного комитета Дмитрий Довгий объявил, что заказчиком убийства, скорее всего, является политэмигрант Борис Березовский.