Тема возмещения НДС из бюджета традиционно является болезненной для ФНС — служба не раскрывает статистику, позволяющую анализировать этот процесс. Согласно оказавшемуся у "Ъ" внутреннему отчету ФНС о структуре начисления НДС на 1 апреля 2008 года, за I квартал в целом по стране к возмещению из бюджета было начислено 140 млрд руб. Наибольшая часть возмещения приходится на Москву, в которой зарегистрированы головные офисы большинства компаний-экспортеров,— 43 млрд руб. (почти треть от общероссийского показателя). На втором месте с 12,4 млрд руб. — Санкт-Петербург, далее — основные промышленные и сырьевые регионы страны (см. диаграмму).
С объемами возмещения напрямую связаны результаты контрольных мероприятий ФНС по этому налогу. По результатам проверок по НДС, за первый квартал 2008 года компаниям было доначислено 42 млрд руб. При этом на Москву пришлось более половины этой суммы — 22 млрд руб., то есть доля столицы в доначислениях значительно выше, чем в возмещении. Это означает, что столичные налоговики действуют в отношении своих подопечных гораздо жестче, чем их коллеги в регионах. Это подтверждается и размером налогооблагаемого оборота по НДС: доля Москвы здесь также составляет треть от общероссийского показателя (686 млрд руб. из 2 трлн руб. за I квартал). При этом крайне велики региональные различия в соотношении между возмещением и доначислением. Если в Москве возмещается 43 млрд руб., а доначисляется 22 млрд руб., то, к примеру, в Тюменской области при 5,1 млрд руб. возмещения доначисления по результатам проверок составили всего 25 млн руб.
